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- PDB-2mt6: Solution structure of the human ubiquitin conjugating enzyme Ube2w -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mt6
タイトルSolution structure of the human ubiquitin conjugating enzyme Ube2w
要素Ubiquitin-conjugating enzyme E2 W
キーワードLIGASE / ubiquitin / ube2w / E2 / ubiquitin conjugating enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal E2 ubiquitin-conjugating enzyme / protein K11-linked ubiquitination / cellular response to misfolded protein / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / protein monoubiquitination / ubiquitin conjugating enzyme activity / antiviral innate immune response / negative regulation of TORC1 signaling / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes ...N-terminal E2 ubiquitin-conjugating enzyme / protein K11-linked ubiquitination / cellular response to misfolded protein / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / protein monoubiquitination / ubiquitin conjugating enzyme activity / antiviral innate immune response / negative regulation of TORC1 signaling / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA repair / ubiquitin protein ligase binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 W
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Vittal, V. / Shi, L. / Wenzel, D.M. / Brzovic, P.S. / Klevit, R.E.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Intrinsic disorder drives N-terminal ubiquitination by Ube2w.
著者: Vittal, V. / Shi, L. / Wenzel, D.M. / Scaglione, K.M. / Duncan, E.D. / Basrur, V. / Elenitoba-Johnson, K.S. / Baker, D. / Paulson, H.L. / Brzovic, P.S. / Klevit, R.E.
履歴
登録2014年8月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22015年1月14日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 W


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3511
ポリマ－17,3511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 16000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 W / N-terminus-conjugating E2 / Ubiquitin carrier protein W / Ubiquitin-conjugating enzyme 16 / UBC-16 ...N-terminus-conjugating E2 / Ubiquitin carrier protein W / Ubiquitin-conjugating enzyme 16 / UBC-16 / Ubiquitin-protein ligase W


分子量: 17350.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2W, UBC16 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96B02, ubiquitin-protein ligase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D HNCA
1313D HN(CO)CA
1413D HN(CA)CB
1513D CBCA(CO)NH
1612D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細内容: 200-400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ube2w, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料単位: uM / 構成要素: Ube2w-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N] / Conc. range: 200-400
試料状態イオン強度: 150 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker INOVABrukerINOVA6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Bax構造決定
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Bax精密化
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 16000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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