PDB-2ms5: Structural dynamics of double-helical RNA having CAG motif

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ms5

タイトル

Structural dynamics of double-helical RNA having CAG motif

要素

RNA_(5'-R(P*CP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*GP*G)-3')

キーワード

RNA / CAG repeat expansion / Trinucleotide repeats / Huntington's Disease

機能・相同性

RNA

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / molecular dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Kumar, A. / Tawani, A.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Structural Insights Reveal the Dynamics of the Repeating r(CAG) Transcript Found in Huntington's Disease (HD) and Spinocerebellar Ataxias (SCAs)
著者: Tawani, A. / Kumar, A.

履歴

登録	2014年7月23日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月15日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ms5.cif.gz	21.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ms5.ent.gz	13.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ms5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/2ms5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/2ms5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yn6C 3nj6 3nj7 4j50 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ncr-d 4rhd-1 4rhd-3 1i0j-d 1i0o-d 260d-1 168d-d 1i0g-d 382d-1 395d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25106

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

S: RNA_(5'-R(P*CP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*GP*G)-3')

A: RNA_(5'-R(P*CP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*GP*G)-3')

5.77 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: RNA鎖	RNA_(5'-R(PCPCPGPCPAPGPCPGPG)-3') 分子量: 2885.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D DQF-COSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	2D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 2.35 mM RNA (5'-R(PCPCPGPCPAPGPCPGPG)-3')-1, 90% H2O/10% D2O 溶媒系*: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 2.35 mM / 構成要素: RNA (5'-R(PCPCPGPCPAPGPCPGP*G)-3')-1
試料状態	イオン強度: 0.018 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 308 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	400	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	700	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
Discover	Accelrys Software Inc.	構造決定
Discover		精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1 / 代表コンフォーマー: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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