PDB-3nj6: 0.95 A resolution X-ray structure of (GGCAGCAGCC)2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nj6

タイトル

0.95 A resolution X-ray structure of (GGCAGCAGCC)2

要素

5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*C)-3'

キーワード

RNA / CAG repeats / polyQ diseases

機能・相同性

RNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.95 Å

データ登録者

Kiliszek, A. / Kierzek, R. / Krzyzosiak, W.J. / Rypniewski, W.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Atomic resolution structure of CAG RNA repeats: structural insights and implications for the trinucleotide repeat expansion diseases.
著者: Kiliszek, A. / Kierzek, R. / Krzyzosiak, W.J. / Rypniewski, W.

履歴

登録	2010年6月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nj6.cif.gz	27.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nj6.ent.gz	19.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nj6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nj6_validation.pdf.gz	389.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nj6_full_validation.pdf.gz	389.6 KB	表示
XML形式データ	3nj6_validation.xml.gz	3.6 KB	表示
CIF形式データ	3nj6_validation.cif.gz	4.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/3nj6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/3nj6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nj7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wy3-2 7b72-d 4u6k-1 2lwg-d 2m44-d 2mxk-d 1oo7-d 2mul-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*C)-3'

ヘテロ分子

3.31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*C)-3'

ヘテロ分子

A: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*C)-3'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
6.62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.427, 46.427, 82.678
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-12- HOH
2	1	A-18- HOH
3	1	A-25- HOH
4	1	A-39- HOH
5	1	A-56- HOH
6	1	A-62- HOH

#1: RNA鎖	5'-R(GPGPCPAPGPCPAPGPCPC)-3' 分子量: 3215.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化	温度: 292 K / pH: 8.5 詳細: MgSO4, (NH4)2SO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.8
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月6日
放射	モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.95→23.213 Å / Num. obs: 21756 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.3 % / B_iso Wilson estimate: 6.8 Å² / R_sym value: 0.036 / Net I/σ(I): 74.1
反射シェル	解像度: 0.95→0.97 Å / 冗長度: 11 % / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / R_sym value: 0.291 / % possible all: 98

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 61.16 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	23.21 Å
Translation	2.5 Å	23.21 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.1	位相決定
PHENIX	1.5_2	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: A-RNA HELIX

解像度: 0.95→23.21 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU ML: 0.08 / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.106	-	-
obs	0.106	21748	99.7 %
R_free	-	0	100 %
all	-	21748	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.58 Å² / k_sol: 0.41 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.08 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.95→23.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	213	5	76	294

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	242
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.996	376
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.302	96
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.098	49
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.031	10

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.952-0.963	0.111	699	0.111	699	X-RAY DIFFRACTION	94
0.963-0.974	0.101	690	0.101	690	X-RAY DIFFRACTION	99
0.974-0.986	0.094	744	0.094	744	X-RAY DIFFRACTION	100
0.986-0.998	0.087	687	0.087	687	X-RAY DIFFRACTION	100
0.998-1.012	0.082	725	0.082	725	X-RAY DIFFRACTION	100
1.012-1.025	0.072	709	0.072	709	X-RAY DIFFRACTION	100
1.025-1.04	0.075	733	0.075	733	X-RAY DIFFRACTION	100
1.04-1.056	0.074	719	0.074	719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.056-1.072	0.068	718	0.068	718	X-RAY DIFFRACTION	100
1.072-1.09	0.062	704	0.062	704	X-RAY DIFFRACTION	100
1.09-1.109	0.065	713	0.065	713	X-RAY DIFFRACTION	100
1.109-1.129	0.066	727	0.066	727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.129-1.15	0.064	711	0.064	711	X-RAY DIFFRACTION	100
1.15-1.174	0.059	718	0.059	718	X-RAY DIFFRACTION	100
1.174-1.199	0.066	737	0.066	737	X-RAY DIFFRACTION	100
1.199-1.227	0.066	727	0.066	727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.227-1.258	0.071	705	0.071	705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.258-1.292	0.067	731	0.067	731	X-RAY DIFFRACTION	100
1.292-1.33	0.071	723	0.071	723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.33-1.373	0.073	728	0.073	728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.373-1.422	0.08	724	0.08	724	X-RAY DIFFRACTION	100
1.422-1.479	0.081	732	0.081	732	X-RAY DIFFRACTION	100
1.479-1.546	0.091	732	0.091	732	X-RAY DIFFRACTION	100
1.546-1.628	0.091	716	0.091	716	X-RAY DIFFRACTION	100
1.628-1.73	0.091	739	0.091	739	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.863	0.102	724	0.102	724	X-RAY DIFFRACTION	100
1.863-2.05	0.121	742	0.121	742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.347	0.126	740	0.126	740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.347-2.956	0.141	759	0.141	759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.956-23.22	0.149	792	0.149	792	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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