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- PDB-3nj7: 1.9 A resolution X-ray structure of (GGCAGCAGCC)2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nj7
タイトル1.9 A resolution X-ray structure of (GGCAGCAGCC)2
要素5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*C)-3'
キーワードRNA / CAG repeats / poly-Q diseases
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.904 Å
データ登録者Kiliszek, A. / Kierzek, R. / Krzyzosiak, W.J. / Rypniewski, W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Atomic resolution structure of CAG RNA repeats: structural insights and implications for the trinucleotide repeat expansion diseases.
著者: Kiliszek, A. / Kierzek, R. / Krzyzosiak, W.J. / Rypniewski, W.
履歴
登録2010年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*C)-3'
B: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*C)-3'
C: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*C)-3'
D: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*C)-3'
E: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*C)-3'
F: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,86612
ポリマ－19,2906
非ポリマー5766
水3,189177
1
A: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*C)-3'
B: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6224
ポリマ－6,4302
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area3930 Å2
手法PISA
2
C: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*C)-3'
D: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6224
ポリマ－6,4302
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area3930 Å2
手法PISA
3
E: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*C)-3'
F: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6224
ポリマ－6,4302
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area3920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.366, 47.366, 83.209
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: RNA鎖
5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*C)-3'


分子量: 3215.004 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.97 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MgSO4, (NH4)2SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8123 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月28日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8123 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→18.6 Å / Num. all: 16346 / Num. obs: 16346 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 801 / Rsym value: 0.518 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NJ6

3nj6


解像度: 1.904→18.553 Å / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: TLS refinement / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2482 821 5.06 %RANDOM
Rwork0.2117 ---
all0.2136 16234 --
obs0.2136 16234 99.39 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.154 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9073 Å2-0 Å20 Å2
2---0.9073 Å2-0 Å2
3---1.8146 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.904→18.553 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1278 30 177 1485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061452
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3722256
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.419576
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00560
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.904-2.02290.30831350.251725802715100
2.0229-2.17880.22851230.214725932716100
2.1788-2.39770.22381510.195325622713100
2.3977-2.74370.24171420.207825892731100
2.7437-3.45310.23831410.20652552269399
3.4531-18.55380.25751290.20792537266698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8218-0.4262.47971.5973-3.84183.21570.13950.02080.0101-0.2612-0.0108-0.02990.25490.185-0.12890.32650.0940.01480.1995-0.02840.122619.9554-15.23864.6906
20.19050.488-1.12982.595-3.09522.02440.1736-0.0243-0.0685-0.13590.03370.19910.15280.1169-0.16590.2468-0.0249-0.00010.2053-0.01680.165819.8963-11.08638.1419
30.02070.89341.13861.0621.88780.78910.07390.0250.01980.01410.0669-0.0426-0.0032-0.1159-0.11640.2478-0.04320.01150.1970.00090.19233.4883-1.8458-9.2346
41.83720.05372.2851-0.35150.49880.95120.1-0.09630.0021-0.00660.01260.004-0.0447-0.0923-0.08950.1737-0.00670.01110.23940.00980.19-0.1566-3.9472-5.7561
51.10190.7951.76381.39893.18051.99580.033-0.0917-0.0798-0.00450.08320.0604-0.0038-0.239-0.10110.2868-0.04730.00740.21810.02780.16394.1274-29.33254.6051
61.65620.1643.7716-0.3371-0.02663.01540.0746-0.2699-0.005-0.00390.0705-0.0201-0.1289-0.398-0.15460.18920.00640.00950.36860.0280.18640.4997-31.35878.0489
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 10
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC1 - 10
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD1 - 10
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE1 - 10
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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