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万見
- PDB-7kzl: Cyclopentane peptide nucleic acid in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kzl
タイトルCyclopentane peptide nucleic acid in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*C)-3')
  • XDJ-XDD-XDY-XDJ-XDY-XDJ-XDD-XDY-XDD-XDV
キーワードPEPTIDE NUCLEIC ACID/DNA / peptide nucleic acid / PNA / PEPTIDE NUCLEIC ACID-DNA complex
機能・相同性IODIDE ION / METHANOL / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Botos, I. / Appella, D.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)ZIA-DK031143 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Conformational constraints of cyclopentane peptide nucleic acids facilitate tunable binding to DNA.
著者: Zheng, H. / Botos, I. / Clausse, V. / Nikolayevskiy, H. / Rastede, E.E. / Fouz, M.F. / Mazur, S.J. / Appella, D.H.
履歴
登録2020年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*C)-3')
B: XDJ-XDD-XDY-XDJ-XDY-XDJ-XDD-XDY-XDD-XDV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,37313
ポリマ－5,6962
非ポリマー67811
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.704, 54.704, 39.633
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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DNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*C)-3')


分子量: 2674.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質・ペプチド XDJ-XDD-XDY-XDJ-XDY-XDJ-XDD-XDY-XDD-XDV


分子量: 3021.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 5種, 108分子

#3: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MOH / METHANOL / ヒドロキシメチリジンラジカル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: CH4O
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.74 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 100mM MES, 15% ethanol, 200mM Zinc acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→32.09 Å / Num. obs: 28269 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18.4 % / Biso Wilson estimate: 13.48 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 35.4
反射 シェル解像度: 1.3→1.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Num. unique obs: 2597 / CC1/2: 0.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: I-SAD

解像度: 1.3→32.09 Å / SU ML: 0.0955 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.3569 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1885 1420 5.02 %
Rwork0.1719 26849 -
obs0.1728 28269 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→32.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 0 411 97 508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0245443
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.3581623
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061753
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.019328
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d38.5684143
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.340.21061640.19962597X-RAY DIFFRACTION98.33
1.34-1.40.23531340.19362733X-RAY DIFFRACTION100
1.4-1.460.22641610.18662660X-RAY DIFFRACTION100
1.46-1.540.20961340.17382699X-RAY DIFFRACTION100
1.54-1.640.18521200.15922722X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.760.15541240.15772710X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.940.19841510.16342687X-RAY DIFFRACTION100
1.94-2.220.19221420.17562700X-RAY DIFFRACTION99.96
2.22-2.80.22851670.17972674X-RAY DIFFRACTION100
2.8-32.090.1531230.16872667X-RAY DIFFRACTION98.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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