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万見
- PDB-2moa: Solution NMR structure of peptide ImI1 (peak 2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2moa
タイトルSolution NMR structure of peptide ImI1 (peak 2)
要素Alpha-conotoxin ImI
キーワードTOXIN / dithiol amino acid / conotoxin / bicyclic peptide / macrocycle / phage display
機能・相同性Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature. / host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Alpha-conotoxin ImI mutant / Alpha-conotoxin ImI
機能・相同性情報
生物種Conus imperialis (ミカドミナシ)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Heinis, C. / Chen, S.
引用
ジャーナル: Nat Chem / 年: 2014
タイトル: Dithiol amino acids can structurally shape and enhance the ligand-binding properties of polypeptides.
著者: Chen, S. / Gopalakrishnan, R. / Schaer, T. / Marger, F. / Hovius, R. / Bertrand, D. / Pojer, F. / Heinis, C.
#1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1999
タイトル: Solution structure of alpha-conotoxin ImI by 1H nuclear magnetic resonance.
著者: Gehrmann, J. / Daly, N.L. / Alewood, P.F. / Craik, D.J.
#2: ジャーナル: Febs Lett. / 年: 1999
タイトル: NMR spatial structure of alpha-conotoxin ImI reveals a common scaffold in snail and snake toxins recognizing neuronal nicotinic acetylcholine receptors.
著者: Maslennikov, I.V. / Shenkarev, Z.O. / Zhmak, M.N. / Ivanov, V.T. / Methfessel, C. / Tsetlin, V.I. / Arseniev, A.S.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: NMR solution structure of alpha-conotoxin ImI and comparison to other conotoxins specific for neuronal nicotinic acetylcholine receptors.
著者: Rogers, J.P. / Luginbuhl, P. / Shen, G.S. / McCabe, R.T. / Stevens, R.C. / Wemmer, D.E.
#4: ジャーナル: Febs Lett. / 年: 1999
タイトル: Minimal conformation of the alpha-conotoxin ImI for the alpha7 neuronal nicotinic acetylcholine receptor recognition: correlated CD, NMR and binding studies.
著者: Lamthanh, H. / Jegou-Matheron, C. / Servent, D. / Menez, A. / Lancelin, J.M.
#5: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: Structural determinants of selective alpha-conotoxin binding to a nicotinic acetylcholine receptor homolog AChBP.
著者: Ulens, C. / Hogg, R.C. / Celie, P.H. / Bertrand, D. / Tsetlin, V. / Smit, A.B. / Sixma, T.K.
履歴
登録2014年4月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-conotoxin ImI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,3851
ポリマ－1,3851
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Alpha-conotoxin ImI / Alpha-CTx ImI


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 毒素 / 分子量: 1384.654 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 5-16 / 変異: C2(81S), C3A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus imperialis (ミカドミナシ) / 参照: UniProt: P50983, Alpha-conotoxin ImI mutant

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Bicyclic peptide ImI1 (peak 2) was generated by substituing two adjacent cysteines in ImI with a dithiol amino acid 1a.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D DQF-COSY

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試料調製

詳細内容: 1 mM ImI1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1 mM / 構成要素: ImI1-1
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 5.8 / 圧: ambient / 温度: 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.113Goddardchemical shift assignment
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
Amber11Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmangeometry optimization
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 163 / NOE intraresidue total count: 107 / NOE long range total count: 3 / NOE medium range total count: 11 / NOE sequential total count: 42
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.143 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.071 Å / Distance rms dev error: 0.023 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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