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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2moa | |||||||||
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タイトル | Solution NMR structure of peptide ImI1 (peak 2) | |||||||||
![]() | Alpha-conotoxin ImI | |||||||||
![]() | TOXIN / dithiol amino acid / conotoxin / bicyclic peptide / macrocycle / phage display | |||||||||
機能・相同性 | Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature. / host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Alpha-conotoxin ImI mutant / Alpha-conotoxin ImI![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics | |||||||||
Model details | closest to the average, model1 | |||||||||
![]() | Heinis, C. / Chen, S. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Dithiol amino acids can structurally shape and enhance the ligand-binding properties of polypeptides. 著者: Chen, S. / Gopalakrishnan, R. / Schaer, T. / Marger, F. / Hovius, R. / Bertrand, D. / Pojer, F. / Heinis, C. #1: ![]() タイトル: Solution structure of alpha-conotoxin ImI by 1H nuclear magnetic resonance. 著者: Gehrmann, J. / Daly, N.L. / Alewood, P.F. / Craik, D.J. #2: ![]() タイトル: NMR spatial structure of alpha-conotoxin ImI reveals a common scaffold in snail and snake toxins recognizing neuronal nicotinic acetylcholine receptors. 著者: Maslennikov, I.V. / Shenkarev, Z.O. / Zhmak, M.N. / Ivanov, V.T. / Methfessel, C. / Tsetlin, V.I. / Arseniev, A.S. #3: ![]() タイトル: NMR solution structure of alpha-conotoxin ImI and comparison to other conotoxins specific for neuronal nicotinic acetylcholine receptors. 著者: Rogers, J.P. / Luginbuhl, P. / Shen, G.S. / McCabe, R.T. / Stevens, R.C. / Wemmer, D.E. #4: ![]() タイトル: Minimal conformation of the alpha-conotoxin ImI for the alpha7 neuronal nicotinic acetylcholine receptor recognition: correlated CD, NMR and binding studies. 著者: Lamthanh, H. / Jegou-Matheron, C. / Servent, D. / Menez, A. / Lancelin, J.M. #5: ![]() タイトル: Structural determinants of selective alpha-conotoxin binding to a nicotinic acetylcholine receptor homolog AChBP. 著者: Ulens, C. / Hogg, R.C. / Celie, P.H. / Bertrand, D. / Tsetlin, V. / Smit, A.B. / Sixma, T.K. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: Bicyclic peptide ImI1 (peak 2) was generated by substituing two adjacent cysteines in ImI with a dithiol amino acid 1a. | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 1 mM ImI1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 1 mM / 構成要素: ImI1-1 |
試料状態 | イオン強度: 0.1 / pH: 5.8 / 圧: ambient / 温度: 278 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 163 / NOE intraresidue total count: 107 / NOE long range total count: 3 / NOE medium range total count: 11 / NOE sequential total count: 42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.143 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR ensemble rms | Distance rms dev: 0.071 Å / Distance rms dev error: 0.023 Å |