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万見
- PDB-2mma: NMR-based docking model of GrxS14-BolA2 apo-heterodimer from Arab... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mma
タイトルNMR-based docking model of GrxS14-BolA2 apo-heterodimer from Arabidopsis thaliana
要素
  • BolA2
  • Monothiol glutaredoxin-S14, chloroplastic
キーワードGENE REGULATION / stress-responsive protein / transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast envelope / response to iron ion / antiporter activity / chloroplast stroma / monoatomic cation transport / protein maturation / chloroplast / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / intracellular iron ion homeostasis ...chloroplast envelope / response to iron ion / antiporter activity / chloroplast stroma / monoatomic cation transport / protein maturation / chloroplast / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / intracellular iron ion homeostasis / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BolA-like protein 2 / Monothiol glutaredoxin-related / Glutaredoxin, PICOT-like / BolA-like / BolA protein / BolA-like superfamily / BolA-like protein / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. ...BolA-like protein 2 / Monothiol glutaredoxin-related / Glutaredoxin, PICOT-like / BolA-like / BolA protein / BolA-like superfamily / BolA-like protein / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Monothiol glutaredoxin-S14, chloroplastic / Protein BOLA2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / molecular dynamics, energy minimization
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Roret, T. / Tsan, P. / Couturier, J. / Rouhier, N. / Didierjean, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural and Spectroscopic Insights into BolA-Glutaredoxin Complexes.
著者: Roret, T. / Tsan, P. / Couturier, J. / Zhang, B. / Johnson, M.K. / Rouhier, N. / Didierjean, C.
履歴
登録2014年3月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references
改定 1.22016年4月27日Group: Structure summary
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monothiol glutaredoxin-S14, chloroplastic
B: BolA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6132
ポリマ－22,6132
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Monothiol glutaredoxin-S14, chloroplastic / AtGRXcp / AtGrxS14 / CAX-interacting protein 1 / CXIP1


分子量: 12354.149 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 67-173 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: GRXS14, CXIP1, At3g54900, F28P10.120 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84Y95
#2: タンパク質 BolA2 / BolA-like family protein


分子量: 10258.644 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-81 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AT5G09830, At5g09830 / プラスミド: pET3d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FIC3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1332D 1H-15N HSQC
1442D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.12 mM [U-100% 15N] BolA2, 0.012-0.24 mM GrxS14, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.12 mM [U-100% 15N] GrxS14, 0.012-0.24 mM BolA2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.12 mM [U-100% 15N] GrxS14, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.12 mM [U-100% 15N] BolA2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
0.12 mMBolA2-1[U-100% 15N]1
mMGrxS14-20.012-0.241
0.12 mMGrxS14-3[U-100% 15N]2
mMBolA2-40.012-0.242
0.12 mMGrxS14-5[U-100% 15N]3
0.12 mMBolA2-6[U-100% 15N]4
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
GRAMM-X_Protein-Protein_Docking_Web_Server1.2.0Tovchigrechko構造決定
YASARA_Energy_Minimization_ServerKriegergeometry optimization
YASARA_Energy_Minimization_ServerKrieger精密化
GRAMM-X_Protein-Protein_Docking_Web_ServerTovchigrechko精密化
精密化手法: molecular dynamics, energy minimization / ソフトェア番号: 1
詳細: Energy minimization using the YASARA force field. The structure was moved to a nearby (local) minimum, with removal of clashes and small errors.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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