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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mma | ||||||
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タイトル | NMR-based docking model of GrxS14-BolA2 apo-heterodimer from Arabidopsis thaliana | ||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION / stress-responsive protein / transcriptional regulator | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein maturation by iron-sulfur cluster transfer / chloroplast envelope / antiporter activity / response to iron ion / chloroplast stroma / monoatomic cation transport / chloroplast / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / intracellular iron ion homeostasis / response to oxidative stress ...protein maturation by iron-sulfur cluster transfer / chloroplast envelope / antiporter activity / response to iron ion / chloroplast stroma / monoatomic cation transport / chloroplast / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / intracellular iron ion homeostasis / response to oxidative stress / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics, energy minimization | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
データ登録者 | Roret, T. / Tsan, P. / Couturier, J. / Rouhier, N. / Didierjean, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014 タイトル: Structural and Spectroscopic Insights into BolA-Glutaredoxin Complexes. 著者: Roret, T. / Tsan, P. / Couturier, J. / Zhang, B. / Johnson, M.K. / Rouhier, N. / Didierjean, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2mma.cif.gz | 70.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2mma.ent.gz | 53.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2mma.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2mma_validation.pdf.gz | 436.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2mma_full_validation.pdf.gz | 440 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2mma_validation.xml.gz | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2mma_validation.cif.gz | 10.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/2mma ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/2mma | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12354.149 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 67-173 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: GRXS14, CXIP1, At3g54900, F28P10.120 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84Y95 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 10258.644 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-81 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AT5G09830, At5g09830 / プラスミド: pET3d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FIC3 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.05 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics, energy minimization / ソフトェア番号: 1 詳細: Energy minimization using the YASARA force field. The structure was moved to a nearby (local) minimum, with removal of clashes and small errors. | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted 計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |