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万見
- PDB-2mji: HIFABP_Ketorolac_complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mji
タイトルHIFABP_Ketorolac_complex
要素Fatty acid-binding protein, intestinal
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / Protein-ligand complex / Intestinal Fatty Acid Binding Protein / Human FABP2
機能・相同性
機能・相同性情報


intestinal lipid absorption / apical cortex / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / microvillus / fatty acid transport / fatty acid binding / fatty acid metabolic process / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fatty acid-binding protein, intestinal / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KTR / Fatty acid-binding protein, intestinal
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Patil, R. / Laguerre, A. / Wielens, J. / Headey, S. / Williams, M. / Mohanty, B. / Porter, C. / Scanlon, M.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Characterization of two distinct modes of drug binding to human intestinal Fatty Acid binding protein.
著者: Patil, R. / Laguerre, A. / Wielens, J. / Headey, S.J. / Williams, M.L. / Hughes, M.L. / Mohanty, B. / Porter, C.J. / Scanlon, M.J.
履歴
登録2014年1月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, intestinal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3532
ポリマ－15,0981
非ポリマー2551
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein, intestinal / Fatty acid-binding protein 2 / Intestinal-type fatty acid-binding protein / I-FABP


分子量: 15098.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP2, FABPI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12104
#2: 化合物 ChemComp-KTR / (1R)-5-benzoyl-2,3-dihydro-1H-pyrrolizine-1-carboxylic acid / Ketorolac / (R)-ケトロラック


分子量: 255.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H13NO3 / コメント: 抗炎症剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1323D HN(CA)CB
1423D CBCA(CO)NH
1513D 1H-13C NOESY aliphatic
1613D 1H-13C NOESY aromatic
1713D 1H-15N NOESY
1823D HNCA
1923D HNCO
11023D HN(CA)CB
11113D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-13C; U-15N] HIFABP, 10 mM 5-benzoyl,3-dihydro-1H-pyrrolizine-1-carboxylic acid, 50 mM NaCl, 20 mM MES, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-13C; U-15N] HIFABP, 5 mM 5-benzoyl,3-dihydro-1H-pyrrolizine-1-carboxylic acid, 50 mM NaCl, 20 mM MES, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.25 mM [U-13C; U-15N] HIFABP, 2.5 mM 5-benzoyl,3-dihydro-1H-pyrrolizine-1-carboxylic acid, 50 mM NaCl, 20 mM MES, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMHIFABP-1[U-13C; U-15N]1
10 mM5-benzoyl-2,3-dihydro-1H-pyrrolizine-1-carboxylic acid-21
50 mMNaCl-31
20 mMMES-41
0.5 mMHIFABP-5[U-13C; U-15N]2
5 mM5-benzoyl-2,3-dihydro-1H-pyrrolizine-1-carboxylic acid-62
50 mMNaCl-72
20 mMMES-82
0.25 mMHIFABP-9[U-13C; U-15N]3
2.5 mM5-benzoyl-2,3-dihydro-1H-pyrrolizine-1-carboxylic acid-103
50 mMNaCl-113
20 mMMES-123
試料状態pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
TopSpin3.2Bruker Biospin解析
TopSpin3.2Bruker Biospinデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.113Goddardpeak picking
Sparky3.113Goddardchemical shift assignment
VnmrJVariancollection
CNS3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CARA4Keller and Wuthrichデータ解析
CARA4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA4Keller and Wuthrichpeak picking
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: TORSIONAL ANGLE DYNAMICS
NMR constraintsNOE constraints total: 1591 / NOE intraresidue total count: 428 / NOE long range total count: 537 / NOE medium range total count: 186 / NOE sequential total count: 440 / Protein phi angle constraints total count: 84 / Protein psi angle constraints total count: 83
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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