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- PDB-2mim: NMR structure of the chicken CD3 epsilon delta/gamma heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mim
タイトルNMR structure of the chicken CD3 epsilon delta/gamma heterodimer
要素CD3 epsilon protein,CD3 glycoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / immune signalling subunit / CD3 / TCR
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / positive thymic T cell selection / T cell receptor binding / transmembrane signaling receptor activity / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Headey, S. / Berry, R. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure of the chicken CD3 epsilon delta / gamma heterodimer and its assembly with the alpha beta T cell receptor
著者: Berry, R. / Headey, S.J. / Call, M.J. / McCluskey, J. / Tregaskes, C.A. / Kaufman, J. / Koh, R. / Scanlon, M.J. / Call, M.E. / Rossjohn, J.
履歴
登録2013年12月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Structure summary
改定 1.22014年10月22日Group: Database references
改定 1.32019年1月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD3 epsilon protein,CD3 glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5701
ポリマ－19,5701
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 CD3 epsilon protein,CD3 glycoprotein / CD3e protein / CD3D antigen delta / CD3g/d protein


分子量: 19569.771 Da / 分子数: 1
断片: chicken CD3 epsilon domain (UNP residues 24-91),chicken CD3 gamma-delta domain (UNP residues 18-97)
由来タイプ: 組換発現
詳細: chimera of CD3 epsilon protein, LINKER, CD3 glycoprotein
由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CD3 epsilon, cd3e, cd3g, CD3D, d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P70069, UniProt: Q90768

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HN(COCA)CB
1323D HN(CA)CB
1413D H(CCO)NH
1513D HNCA
1613D HNCO
1723D HN(CO)CA
1813D 1H-13C NOESY aliphatic
1913D 1H-13C NOESY aromatic
11013D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] protein-1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] protein-2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMprotein-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
0.5 mMprotein-2[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]2
試料状態イオン強度: 0.3 / pH: 7.6 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAvance6001
Bruker AvanceBrukerAvance8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TOPSPINBruker Biospincollection
TOPSPINBruker Biospin解析
XEASYBartels et al.データ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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