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万見
- PDB-2mgs: Solution structure of CXCL5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mgs
タイトルSolution structure of CXCL5
要素C-X-C motif chemokine 5
キーワードSIGNALING PROTEIN / chemokine / ENA78 / Neutrophil activating chemokine / Dimer / CXCR2 activating chemokine
機能・相同性
機能・相同性情報


CXCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / neutrophil chemotaxis / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / G alpha (i) signalling events / cellular response to lipopolysaccharide ...CXCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / neutrophil chemotaxis / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / G alpha (i) signalling events / cellular response to lipopolysaccharide / inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 ...CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-X-C motif chemokine 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, simulated annealing
データ登録者Sepuru, K. / Rajarathnam, K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Solution Structure of CXCL5 - A Novel Chemokine and Adipokine Implicated in Inflammation and Obesity.
著者: Sepuru, K.M. / Poluri, K.M. / Rajarathnam, K.
履歴
登録2013年11月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月7日Group: Database references
改定 1.22016年4月27日Group: Structure summary

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-X-C motif chemokine 5
B: C-X-C motif chemokine 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7362
ポリマ－16,7362
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 C-X-C motif chemokine 5 / ENA-78(1-78) / Epithelial-derived neutrophil-activating protein 78 / Neutrophil-activating peptide ...ENA-78(1-78) / Epithelial-derived neutrophil-activating protein 78 / Neutrophil-activating peptide ENA-78 / Small-inducible cytokine B5 / ENA-78(8-78) / ENA-78(9-78)


分子量: 8367.868 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 44-114 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCL5, ENA78, SCYB5 / プラスミド: pET32 Xa/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42830

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D CBCA(CO)NH
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D HBHA(CO)NH
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 50 mM sodium phosphate, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMentity-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 mMsodium phosphate-21
0.01 %sodium azide-31
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAvance8001
Bruker AvanceBrukerAvance6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
SPARKYGoddardデータ解析
SPARKYGoddardpeak picking
TOPSPINBruker Biospincollection
TOPSPINBruker Biospin解析
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, simulated annealing
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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