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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2m9q | |||||||||
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タイトル | NMR structure of an inhibitor bound dengue NS3 protease | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / NS2B cofactor / covalent ligand / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | |||||||||
Model details | lowest energy, model7 | |||||||||
データ登録者 | Gibbs, A. / Steele, R. / Tounge, B. | |||||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: NMR structure of an inhibitor bound dengue NS3 protease provides new insights into the NS2B NS3 ligand interactions 著者: Gibbs, A. / Steele, R. / Tounge, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2m9q.cif.gz | 718.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2m9q.ent.gz | 596.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2m9q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/2m9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/2m9q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25343.268 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1391-1440 and 1476-1648 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) 株: Thailand/0168/1979 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P14337*PLUS, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase |
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#2: タンパク質・ペプチド | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: Dengue NS3: One of two observed ligand binding modes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.8 mM [U-13C; U-15N; U-2H] protein, 0.8 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] protein, 0.8 mM [U-13C; U-15N; U-2H];[1H-13C]-I(delta1)LVM protein, 95% H2O/5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |