PDB-2m7v: Green Light-Absorbing State of TePixJ, an Active Cyanobacteriochr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2m7v

タイトル

Green Light-Absorbing State of TePixJ, an Active Cyanobacteriochrome Domain

要素

Methyl-accepting chemotaxis protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / phytochrome / PixJ / blue/green light-absorbing / cyanobacteria / PVB / phycoviolobilin

機能・相同性

機能・相同性情報

chemotaxis / signal transduction / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Cornilescu, G. / Cornilescu, C.C. / Burgie, S.E. / Walker, J.M. / Markley, J.L. / Ulijasz, A.T. / Vierstra, R.D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and Flexibility Variations Between the Ground and Photoactivated States of a Blue/Green Light-Absorbing Cyanobacteriochrome
著者: Cornilescu, C.C.

履歴

登録	2013年5月1日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2m7v.cif.gz	535.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2m7v.ent.gz	451.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2m7v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2m7v_validation.pdf.gz	592.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2m7v_full_validation.pdf.gz	780 KB	表示
XML形式データ	2m7v_validation.xml.gz	73.7 KB	表示
CIF形式データ	2m7v_validation.cif.gz	73.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/2m7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/2m7v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2m7uC 4fof 4glq C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1x50-d 2lul-d 2jkf-d 2zo0-2 6wf5-1 5bq5-2 2k4m-1 2k4m-d 4rci-4 7clx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19214

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (6) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (8) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (4) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (6)
#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (8)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (4)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Methyl-accepting chemotaxis protein 分子量: 18769.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 遺伝子: tll0569 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DLC7
#2: 化合物	ChemComp-PVN / PHYCOVIOLOBILIN / Phycoviolobilin, bound form 分子量: 588.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆

-
実験

実験

手法: 溶液NMR / 詳細: Pg state

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D CBCA(CO)NH
1	3	1	3D HN(CA)CB
1	4	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	5	1	3D 1H-15N NOESY
1	6	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	7	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	8	1	3D HNCO

-
試料調製

詳細

内容: 0.7-1.3 mM [U-13C; U-15N] TePixJ, 0.7-1.3 mM PHYCOVIOLOBILIN, 93% H2O/7% D2O
溶媒系: 93% H2O/7% D2O

試料

単位	構成要素	Isotopic labeling	Conc. range (mg/ml)	Solution-ID
mM	TePixJ-1	[U-13C; U-15N]	0.7-1.3	1
mM	PHYCOVIOLOBILIN-2		0.7-1.3	1

試料状態

イオン強度: 10 / pH: 8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	900	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	3
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	700	4

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	chemical shift assignment
PIPP	Garrett	chemical shift assignment
X-PLOR NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	構造決定
X-PLOR NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化

精密化

手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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