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万見
- PDB-2m58: Structure of 2'-5' AG1 lariat forming ribozyme in its inactive state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m58
タイトルStructure of 2'-5' AG1 lariat forming ribozyme in its inactive state
要素RNA (59-MER)
キーワードRNA / lariat / 2'-5' branching
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Carlomagno, T. / Amata, I. / Codutti, L. / Falb, M. / Fohrer, J. / Simon, B.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Structural principles of RNA catalysis in a 2'-5' lariat-forming ribozyme.
著者: Carlomagno, T. / Amata, I. / Codutti, L. / Falb, M. / Fohrer, J. / Masiewicz, P. / Simon, B.
履歴
登録2013年2月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (59-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1631
ポリマ－19,1631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (59-MER)


分子量: 19163.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC ribose
1312D 1H-13C HSQC base
1412D HNN-COSY
1512D imino NOESY
1613D HsCNb/HbCNb
1713D (H)CCH-COSY-TOCSY
1813D 13C-edited/ 12C-filtered NOESY
1913D 13C-edited/ 13C-filtered NOESY
11022D 1H-15N HSQC
11122D 1H-13C HSQC ribose
11222D 1H-13C HSQC base
11322D HNN-COSY
11422D imino NOESY
11523D HsCNb/HbCNb
11623D (H)CCH-COSY-TOCSY
11723D 13C-edited/ 12C-filtered NOESY
11823D 13C-edited/ 13C-filtered NOESY
11942D 1H-15N HSQC
12042D 1H-13C HSQC ribose
12142D 1H-13C HSQC base
12242D HNN-COSY
12342D imino NOESY
12443D HsCNb/HbCNb
12543D (H)CCH-COSY-TOCSY
12643D 13C-edited/ 12C-filtered NOESY
12743D 13C-edited/ 13C-filtered NOESY
12832D 1H-15N HSQC
12932D 1H-13C HSQC ribose
13032D 1H-13C HSQC base
13132D HNN-COSY
13232D imino NOESY
13333D HsCNb/HbCNb
13433D (H)CCH-COSY-TOCSY
13533D 13C-edited/ 12C-filtered NOESY
13633D 13C-edited/ 13C-filtered NOESY
13752D 1H-15N HSQC
13852D 1H-13C HSQC ribose
13952D 1H-13C HSQC base
14052D HNN-COSY
14152D imino NOESY
14253D HsCNb/HbCNb
14353D (H)CCH-COSY-TOCSY
14453D 13C-edited/ 12C-filtered NOESY
14553D 13C-edited/ 13C-filtered NOESY
14663D HsCNb/HbCNb
14762D HNN-COSY
14872D imino NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE, 100% D2O100% D2O
2300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE, 300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, 100% D2O100% D2O
3500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE, 100% D2O100% D2O
4300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE, 100% D2O100% D2O
5500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE, 500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE, 100% D2O100% D2O
6500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE, 500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE, 500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE, 500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE, 100% D2O100% D2O
7500 uM ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE, 500 uM URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE, 500 uM GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE, 500 uM CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
400 uMADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
300 uMGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE-2[U-100% 13C; U-100% 15N]2
300 uMGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-3[U-100% 13C; U-100% 15N]2
500 uMCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE-4[U-100% 13C; U-100% 15N]3
300 uMURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE-5[U-100% 13C; U-100% 15N]4
500 uMADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE-6[U-100% 13C; U-100% 15N]5
500 uMURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE-7[U-100% 13C; U-100% 15N]5
500 uMADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE-8[U-100% 13C; U-100% 15N]6
500 uMURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE-9[U-100% 13C; U-100% 15N]6
500 uMGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE-10[U-100% 13C; U-100% 15N]6
500 uMCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE-11[U-100% 13C; U-100% 15N]6
500 uMADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE-127
500 uMURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE-137
500 uMGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE-147
500 uMCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE-157
試料状態イオン強度: 0.02 / pH: 6.6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software
名称開発者分類
FelixAccelrys Software Inc.chemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: water refined
NMR constraintsNOE constraints total: 1339 / NOE intraresidue total count: 569 / NOE sequential total count: 631
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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