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万見
- PDB-2m19: Solution structure of the Haloferax volcanii HVO 2177 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m19
タイトルSolution structure of the Haloferax volcanii HVO 2177 protein
要素Molybdopterin converting factor subunit 1
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / ubiquitin-like protein (ユビキチン様タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
MoaD, archaeal-type / Sulfur carrier ThiS/MoaD-like / ThiS family / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small archaeal modifier protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Haloferax volcanii (古細菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 7
データ登録者Li, Y. / Maciejewski, M.W. / Martin, J. / Jin, K. / Zhang, Y. / Lu, M. / Maupin-Furlow, J.A. / Hao, B.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of the ubiquitin-like small archaeal modifier protein 2 from Haloferax volcanii.
著者: Li, Y. / Maciejewski, M.W. / Martin, J. / Jin, K. / Zhang, Y. / Maupin-Furlow, J.A. / Hao, B.
履歴
登録2012年11月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月21日Group: Database references
改定 1.22013年10月2日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdopterin converting factor subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5411
ポリマ－11,5411
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Molybdopterin converting factor subunit 1


分子量: 11540.722 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haloferax volcanii (古細菌) / 株: DS2 / 遺伝子: HVO_2177 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: D4GVB0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1313D HN(CA)CB
1413D HNCO
1513D HCACO
1613D HBHA(CO)NH
1713D C(CO)NH
1813D H(CCO)NH
1923D (H)CCH-TOCSY
11022D 1H-13C HSQC aromatic
11122D 1H-1H NOESY
11213D 1H-15N NOESY
11323D 1H-13C NOESY aliphatic
11423D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Ubl protein HVO 2177, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Ubl protein HVO 2177, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMUbl protein HVO_2177-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1 mMUbl protein HVO_2177-2[U-99% 13C; U-99% 15N]2
試料状態イオン強度: 0.5 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian VNMRSVarianVNMRS6001
Varian VNMRSVarianVNMRS8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XEASY1.2Bartels et al.chemical shift assignment
XEASY1.2Bartels et al.peak picking
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
VnmrJ3.1Variancollection
Rowland_NMR_Toolkit3Hoch, Jeffrey C. & Stern, Alan S.解析
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxtorsion angle restraints
TALOS+Shen, Delaglio, Cornilescu, and Baxtorsion angle restraints
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 3421 / NOE intraresidue total count: 549 / NOE long range total count: 1424 / NOE medium range total count: 640 / NOE sequential total count: 808 / Protein phi angle constraints total count: 82 / Protein psi angle constraints total count: 82
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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