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万見
- PDB-2lvf: Solution structure of the Brazil Nut 2S albumin Ber e 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lvf
タイトルSolution structure of the Brazil Nut 2S albumin Ber e 1
要素2S albumin
キーワードALLERGEN / copper binding / hydrophobic interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity
類似検索 - 分子機能
Napin/ 2S seed storage protein/Conglutin / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2S albumin / 2S sulfur-rich seed storage protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bertholletia excelsa (ブラジルナットノキ)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Rundqvist, L. / Tengel, T. / Zdunek, J. / Schleucher, J. / Alcocer, M.J. / Larsson, G.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Solution structure, copper binding and backbone dynamics of recombinant Ber e 1-the major allergen from Brazil nut.
著者: Rundqvist, L. / Tengel, T. / Zdunek, J. / Bjorn, E. / Schleucher, J. / Alcocer, M.J. / Larsson, G.
履歴
登録2012年7月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2S albumin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6491
ポリマ－13,6491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)12 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 2S albumin


分子量: 13648.980 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 37-146 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bertholletia excelsa (ブラジルナットノキ)
発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: B6EU55, UniProt: P04403*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1223D 1H-15N NOESY
1313D 1H-13C NOESY
1413D HNHA

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-15N] Ber e 1, 20 mM potassium phosphate, 1 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-13C; U-15N] Ber e 1, 20 mM potassium phosphate, 1 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMBer e 1-1[U-15N]1
20 mMpotassium phosphate-21
1 mMsodium azide-31
1 mMBer e 1-4[U-13C; U-15N]2
20 mMpotassium phosphate-52
1 mMsodium azide-62
試料状態イオン強度: 0.02 / pH: 5.8 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AMXBrukerAMX5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
XPLOR-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
XPLOR-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
XPLOR-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CcpNmr AnalysisVranken et.alpeak picking
CcpNmr AnalysisVranken et.alデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Protein ConstructorZdunek, Janusz精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1038 / NOE intraresidue total count: 606
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 12 / Maximum lower distance constraint violation: 1.8 Å / Maximum upper distance constraint violation: 6 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0683 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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