[日本語] English
万見
- PDB-2cxc: Crystal structure of archaeal transcription termination factor NusA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cxc
タイトルCrystal structure of archaeal transcription termination factor NusA
要素NusAUniversity of Newcastle Students' Association
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION TERMINATION / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / ARCHAEAL NUSA / KH DOMAIN (KHドメイン) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / RNA binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Probable transcription termination protein NusA, archaeal / Transcription termination/antitermination protein NusA, bacterial / K homology (KH) domain / Type-1 KH domain profile. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / KHドメイン / K Homology domain, type 2 / K homology domain superfamily, prokaryotic type ...Probable transcription termination protein NusA, archaeal / Transcription termination/antitermination protein NusA, bacterial / K homology (KH) domain / Type-1 KH domain profile. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / KHドメイン / K Homology domain, type 2 / K homology domain superfamily, prokaryotic type / K homology domain-like, alpha/beta / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable transcription termination protein NusA
類似検索 - 構成要素
生物種Aeropyrum pernix (アエロピュルム・ペルニクス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shibata, R. / Bessho, Y. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure and RNA-binding analysis of the archaeal transcription factor NusA
著者: Shibata, R. / Bessho, Y. / Shinkai, A. / Nishimoto, M. / Fusatomi, E. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2005年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NusA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0701
ポリマ－16,0701
非ポリマー00
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.348, 100.348, 45.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

-
要素

#1: タンパク質 NusA / University of Newcastle Students' Association / hypothetical protein APE1850


分子量: 16069.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (アエロピュルム・ペルニクス)
株: K1 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9YAU4
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.8
詳細: PEG 3350, sodium acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A10.97885, 0.97920, 0.97300
シンクロトロンSPring-8 BL26B121
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2004年10月3日
RIGAKU JUPITER 2102CCD2004年10月10日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI(111)MADMx-ray1
2Si double crystalsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978851
20.97921
30.9731
411
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 18141 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3521 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 35.83
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9713 / Num. unique all: 1790 / Rsym value: 0.398 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→35.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 658296.63 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: HEMIHEDRAL TWINNING. TWINNING OPERATOR IS (K,H,-L) AND THE TWINNING FRACTION IS 0.218. THE R-FACTOR IS 0.184 AND THE R-FREE IS 0.211 WHEN THIS TWINNING OPERATOR IS USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2112 1200 7.7 %RANDOM
Rwork0.1844 ---
obs-15498 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.27 Å20 Å20 Å2
2---1.27 Å20 Å2
3---2.53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1080 0 0 54 1134
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0071.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.22
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.12
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.612.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.38
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.43
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.23
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.57
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 145 8.1 %
Rwork0.253 2347 -
obs-1754 99.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る