[日本語] English
万見
- PDB-2luz: Solution NMR Structure of CalU16 from Micromonospora echinospora,... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2luz
タイトルSolution NMR Structure of CalU16 from Micromonospora echinospora, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target MiR12
要素CalU16
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro
機能・相同性Activator of Hsp90 ATPase homologue 1-like / Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / CalU16
機能・相同性情報
生物種Micromonospora echinospora (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Ramelot, T.A. / Yang, Y. / Lee, H. / Pederson, K. / Lee, D. / Kohan, E. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. ...Ramelot, T.A. / Yang, Y. / Lee, H. / Pederson, K. / Lee, D. / Kohan, E. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Wrobel, R.L. / Bingman, C.A. / Singh, S. / Thorson, J.S. / Prestegard, J.H. / Montelione, G.T. / Phillips Jr., G.N. / Kennedy, M.A. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro) / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure-Guided Functional Characterization of Enediyne Self-Sacrifice Resistance Proteins, CalU16 and CalU19.
著者: Elshahawi, S.I. / Ramelot, T.A. / Seetharaman, J. / Chen, J. / Singh, S. / Yang, Y. / Pederson, K. / Kharel, M.K. / Xiao, R. / Lew, S. / Yennamalli, R.M. / Miller, M.D. / Wang, F. / Tong, L. ...著者: Elshahawi, S.I. / Ramelot, T.A. / Seetharaman, J. / Chen, J. / Singh, S. / Yang, Y. / Pederson, K. / Kharel, M.K. / Xiao, R. / Lew, S. / Yennamalli, R.M. / Miller, M.D. / Wang, F. / Tong, L. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Bingman, C.A. / Zhu, H. / Phillips, G.N. / Thorson, J.S.
履歴
登録2012年6月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Structure summary
改定 1.22014年11月12日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CalU16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3751
ポリマ－21,3751
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 CalU16


分子量: 21374.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア)
遺伝子: calU16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMgK / 参照: UniProt: Q8KNE9

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D 1H-13C NOESY aliphatic
1713D 1H-13C NOESY aromatic
1813D (H)CCH-TOCSY
1923D (H)CCH-TOCSY
11042D 1H-13C HSQC
11124D CC-NOESY
11213D HBHA(CO)NH
11313D (H)CCH-COSY
11413D C(CO)NH
11513D H(CCO)NH
1163NUS 3D 1H-13C NOESY aliphatic
1173NUS 3D 1H-15N NOESY
11813D 1H-15N NOESY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] mir12.006, 0.02 % NaN3, 10 mM DTT, 5 mM CaCL2, 100 mM NaCL, 1 x Proteinase Inhibitors, 20 mM MES pH 6.5, 10 % D2O, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] mir12.006, 0.02 % NaN3, 10 mM DTT, 5 mM CaCL2, 100 mM NaCL, 1 x Proteinase Inhibitors, 20 mM MES pH 6.5, 100 % D2O, 50 uM DSS, 100% D2O100% D2O
30.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] mir12.011, 0.02 % NaN3, 10 mM DTT, 5 mM CaCL2, 100 mM NaCL, 1 x Proteinase Inhibitors, 20 mM MES pH 6.5, 10 % D2O, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.9 mM [U-100% 15N], 5% 13C stereo mir12.008, 0.02 % NaN3, 10 mM DTT, 5 mM CaCL2, 100 mM NaCL, 1 x Proteinase Inhibitors, 20 mM MES pH 6.5, 10 % D2O, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mMmir12.006-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.02 %NaN3-21
10 mMDTT-31
5 mMCaCL2-41
100 mMNaCL-51
1 %Proteinase Inhibitors-61
20 mMMES pH 6.5-71
10 %D2O-81
50 uMDSS-91
0.9 mMmir12.006-10[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.02 %NaN3-112
10 mMDTT-122
5 mMCaCL2-132
100 mMNaCL-142
1 %Proteinase Inhibitors-152
20 mMMES pH 6.5-162
100 %D2O-172
50 uMDSS-182
0.9 mMmir12.011-19[U-100% 13C; U-100% 15N]3
0.02 %NaN3-203
10 mMDTT-213
5 mMCaCL2-223
100 mMNaCL-233
1 %Proteinase Inhibitors-243
20 mMMES pH 6.5-253
10 %D2O-263
50 uMDSS-273
0.9 mMmir12.008-28[U-100% 15N], 5% 13C stereo4
0.02 %NaN3-294
10 mMDTT-304
5 mMCaCL2-314
100 mMNaCL-324
1 %Proteinase Inhibitors-334
20 mMMES pH 6.5-344
10 %D2O-354
50 uMDSS-364
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Bruker AvanceIIIBrukerAVANCE III6003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoStructureASDP-1.0Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
AutoStructureASDP-1.0Huang, Tejero, Powers and Montelione精密化
NMRPipe2008 linux9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpin2.1.4 and 3.1Bruker Biospincollection
VnmrJ1.1 DVariancollection
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
Sparky3.113Goddardデータ解析
TALOS+Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
PALESPALES (Zweckstetter, Bax)geometry optimization
PSVS1.5Bhattacharya, Montelionestructure validation
FMCGUIAlex Lemak, Cheryl Arrowsmith, University of Toronto精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: CNS WATER REFINEMENT
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る