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- PDB-2ltq: High resolution structure of DsbB C41S by joint calculation with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ltq
タイトルHigh resolution structure of DsbB C41S by joint calculation with solid-state NMR and X-ray data
要素
  • Disulfide bond formation protein B
  • Fab fragment heavy chain
  • Fab fragment light chain
キーワードMEMBRANE PROTEIN / OXIDOREDUCTASE / DISULFIDE BOND / REDOX-ACTIVE CENTER / CELL INNER MEMBRANE / CELL MEMBRANE / CHAPERONE / ELECTRON TRANSPORT / MEMBRANE / TRANSMEMBRANE / TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, quinone or similar compound as acceptor / ubiquinone binding / protein-disulfide reductase activity / protein folding / response to heat / electron transfer activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bromodomain-like / DsbB-like / Disulphide bond formation protein DsbB/BdbC / Disulphide bond formation protein DsbB / DsbB-like superfamily / : / Disulfide bond formation protein DsbB / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like ...Bromodomain-like / DsbB-like / Disulphide bond formation protein DsbB/BdbC / Disulphide bond formation protein DsbB / DsbB-like superfamily / : / Disulfide bond formation protein DsbB / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquinone-8 / Disulfide bond formation protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法個体NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Tang, M. / Sperling, L.J. / Schwieters, C.D. / Nesbitt, A.E. / Gennis, R.B. / Rienstra, C.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structure of the Disulfide Bond Generating Membrane Protein DsbB in the Lipid Bilayer.
著者: Tang, M. / Nesbitt, A.E. / Sperling, L.J. / Berthold, D.A. / Schwieters, C.D. / Gennis, R.B. / Rienstra, C.M.
履歴
登録2012年5月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 2.02023年6月14日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nmr_software / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Disulfide bond formation protein B
B: Fab fragment light chain
C: Fab fragment heavy chain
D: Disulfide bond formation protein B
E: Fab fragment light chain
F: Fab fragment heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,7308
ポリマ－140,2766
非ポリマー1,4542
水00
1
A: Disulfide bond formation protein B
B: Fab fragment light chain
C: Fab fragment heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8654
ポリマ－70,1383
非ポリマー7271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Disulfide bond formation protein B
E: Fab fragment light chain
F: Fab fragment heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8654
ポリマ－70,1383
非ポリマー7271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Disulfide bond formation protein B / Disulfide oxidoreductase


分子量: 20106.982 Da / 分子数: 2 / 変異: C8A,C41S,C49V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: dsbB, roxB, ycgA, b1185, JW5182 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6M2
#2: 抗体 Fab fragment light chain


分子量: 26364.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: FAB FRAGMENT IS OBTAINED BY PAPAIN DIGESTION OF A SELECTED MONOCLONAL ANTIBODY
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Fab fragment heavy chain


分子量: 23666.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: FAB FRAGMENT IS OBTAINED BY PAPAIN DIGESTION OF A SELECTED MONOCLONAL ANTIBODY
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物 ChemComp-UQ8 / Ubiquinone-8 / 2,3-dimethoxy-5-methyl-6-[(6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30-oc taen-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / ユビキノン8


分子量: 727.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H74O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D CC DARR
1222D CC DARR
1332D CC DARR
1413D NCACX
1513D NCOCX
NMR実験の詳細Text: Chemical shifts assignments and CC correlations provide dihedral angle and distance restraints.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
17 mg [U-100% 13C; U-100% 15N] DsbB, 2 mg DDM, 7 mg E. coli lipids, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
25 mg [2-13C-glycerol; U-15N] DsbB, 2 mg DDM, 7 mg E. coli lipids, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
34 mg [1,3-13C-glycerol; U-15N] DsbB, 2 mg DDM, 7 mg E. coli lipids, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
7 mg/mLDsbB-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
2 mg/mLDDM-21
7 mg/mLE. coli lipids-31
5 mg/mLDsbB-4[2-13C-glycerol; U-15N]2
2 mg/mLDDM-52
7 mg/mLE. coli lipids-62
4 mg/mLDsbB-7[1,3-13C-glycerol; U-15N]3
2 mg/mLDDM-83
7 mg/mLE. coli lipids-93
試料状態pH: 7.8 / 圧: ambient / 温度: 261 K

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NMR測定

放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian VXRSVarianVXRS5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
TALOS+Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
VnmrJVariancollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: JOINT CALCULATION OF DSBB C41S FAB WITH SOLID-STATE NMR RESTRAINTS AND X-RAY REFLECTIONS (X-RAY DATA ARE FROM PDB ID: 2ZUQ)
NMR constraintsNOE constraints total: 1334
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum lower distance constraint violation: 0.51 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 0 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.52 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.09 Å / Distance rms dev error: 0.001 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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