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万見
- PDB-2lt9: The solution structure of Ca2+ binding domain 2B of the third iso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lt9
タイトルThe solution structure of Ca2+ binding domain 2B of the third isoform of the Na+/Ca2+ exchanger
要素Protein Slc8a3
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / NCX / NCX3 / NaCa exchanger / CBD / CBD2 / calcium binding domain 2
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium:monoatomic cation antiporter activity / calcium ion export across plasma membrane / calcium:monoatomic cation antiporter activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / Sodium/Calcium exchangers / negative regulation of intracellular signal transduction / calcium:sodium antiporter activity / Reduction of cytosolic Ca++ levels / regulation of skeletal muscle contraction / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / mitochondrial calcium ion homeostasis ...calcium:monoatomic cation antiporter activity / calcium ion export across plasma membrane / calcium:monoatomic cation antiporter activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / Sodium/Calcium exchangers / negative regulation of intracellular signal transduction / calcium:sodium antiporter activity / Reduction of cytosolic Ca++ levels / regulation of skeletal muscle contraction / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / mitochondrial calcium ion homeostasis / metal ion transport / telencephalon development / cell communication / Ion homeostasis / calcium ion transport into cytosol / anchoring junction / calcium ion import across plasma membrane / oligodendrocyte differentiation / modulation of excitatory postsynaptic potential / sarcoplasm / hematopoietic progenitor cell differentiation / myelination / axon terminus / sodium ion transmembrane transport / cellular response to cAMP / learning / neuromuscular junction / synapse organization / sarcolemma / calcium ion transmembrane transport / memory / long-term synaptic potentiation / intracellular calcium ion homeostasis / perikaryon / cellular response to hypoxia / dendritic spine / microtubule / postsynaptic membrane / learning or memory / mitochondrial outer membrane / calmodulin binding / postsynaptic density / synapse / centrosome / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
CalX-beta domain / Sodium/calcium exchanger protein / Sodium/calcium exchanger domain, C-terminal extension / : / C-terminal extension of sodium/calcium exchanger domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / CalX-like domain superfamily / Sodium/calcium exchanger membrane region ...CalX-beta domain / Sodium/calcium exchanger protein / Sodium/calcium exchanger domain, C-terminal extension / : / C-terminal extension of sodium/calcium exchanger domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / CalX-like domain superfamily / Sodium/calcium exchanger membrane region / NCX, central ion-binding domain superfamily / Sodium/calcium exchanger protein / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium/calcium exchanger 3 / Sodium/calcium exchanger 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Breukels, V. / Touw, W.G. / Vuister, G.W.
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2012
タイトル: NMR structure note: solution structure of Ca(2+) binding domain 2B of the third isoform of the Na(+)/Ca (2+) exchanger.
著者: Breukels, V. / Touw, W.G. / Vuister, G.W.
履歴
登録2012年5月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月12日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Slc8a3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9001
ポリマ－17,9001
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein Slc8a3 / Slc8a3 protein / Slc8a3 protein


分子量: 17900.031 Da / 分子数: 1 / 断片: calcium binding domain 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Slc8a3 / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7TS90, UniProt: S4R2P9*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: The solution structure of calcium binding domain 2B of NCX3 is solved in excess of 10 mM CaCl2. However, Ca ions are not modeled in the structure, because resonances of crucial coordinating ...詳細: The solution structure of calcium binding domain 2B of NCX3 is solved in excess of 10 mM CaCl2. However, Ca ions are not modeled in the structure, because resonances of crucial coordinating residues are lacking: res 605 to 610 and 665 to 669.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1513D HBHA(CO)NH
1613D (H)CCH-TOCSY
1713D HNHA
1822D 1H-15N IPAP HSQC
1932D 1H-13C IPAP HSQC
11013D 1H-13C NOESY aliphatic
11113D 1H-13C NOESY aromatic
11213D 1H-15N NOESY
11313D C(CO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM HEPES, 20 mM beta-mercaptoethanol, 10 mM CaCl2, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5 mM [U-100% 15N] protein, 20 mM HEPES, 20 mM beta-mercaptoethanol, 10 mM CaCl2, 8 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.5 mM [U-100% 15N] protein, 20 mM HEPES, 20 mM beta-mercaptoethanol, 10 mM CaCl2, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMentity-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMHEPES-21
20 mMbeta-mercaptoethanol-31
10 mMCaCl2-41
0.5 mMentity-5[U-100% 15N]2
20 mMHEPES-62
20 mMbeta-mercaptoethanol-72
10 mMCaCl2-82
8 mg/mLPf1 phage-92
0.5 mMentity-10[U-100% 15N]3
20 mMHEPES-113
20 mMbeta-mercaptoethanol-123
10 mMCaCl2-133
試料状態イオン強度: 20 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 306 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CCPN_Analysis2.2.2CCPNchemical shift assignment
CCPN_Analysis2.2.2CCPNpeak picking
NMRPipe2007Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDraw2007Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
YASARA11.9.18E. Krieger, Koraimann G, Vriend G精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE SOLUTION STRUCTURE OF CALCIUM BINDING DOMAIN 2B OF NCX3 IS SOLVED IN EXCESS OF 10 MM CACL2. HOWEVER, CA IONS ARE NOT MODELED IN THE STRUCTURE, BECAUSE RESONANCES OF CRUCIAL COORDINATING ...詳細: THE SOLUTION STRUCTURE OF CALCIUM BINDING DOMAIN 2B OF NCX3 IS SOLVED IN EXCESS OF 10 MM CACL2. HOWEVER, CA IONS ARE NOT MODELED IN THE STRUCTURE, BECAUSE RESONANCES OF CRUCIAL COORDINATING RESIDUES ARE LACKING: RES 605 TO 610 AND 665 TO 669. THE REFINEMENT PROTOCOL IN EXPLICIT WATER, INCLUDING DISTANCE AND DIHEDRAL RESTRAINTS. THE RDC RESTRAINTS WERE NOT INCLUDED IN THE REFINEMENT.
NMR constraintsNOE constraints total: 2901 / NOE long range total count: 1289 / NOE medium range total count: 279 / Protein phi angle constraints total count: 93 / Protein psi angle constraints total count: 93
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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