PDB-2lsr: Solution structure of harmonin N terminal domain in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lsr

タイトル

Solution structure of harmonin N terminal domain in complex with a exon68 encoded peptide of cadherin23

要素

Harmonin
peptide from Cadherin-23

キーワード

Structural Protein/cell Adhesion / protein complex / usher syndrome / Structural Protein-cell Adhesion complex

機能・相同性

機能・相同性情報

protein localization to microvillus / brush border assembly / regulation of microvillus length / stereocilia ankle link complex / parallel actin filament bundle assembly / cochlear hair cell ribbon synapse / kinocilium / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / retinal cone cell development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

minimized average structure, model1

Model type details

minimized average

データ登録者

Pan, L. / Wu, L. / Zhang, C. / Zhang, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Large protein assemblies formed by multivalent interactions between cadherin23 and harmonin suggest a stable anchorage structure at the tip link of stereocilia.
著者: Wu, L. / Pan, L. / Zhang, C. / Zhang, M.

履歴

登録	2012年5月4日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lsr.cif.gz	633.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lsr.ent.gz	533.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lsr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2lsr_validation.pdf.gz	587.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2lsr_full_validation.pdf.gz	1007.8 KB	表示
XML形式データ	2lsr_validation.xml.gz	61.1 KB	表示
CIF形式データ	2lsr_validation.cif.gz	81.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/2lsr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/2lsr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2kbq 2kbr
類似構造データ	1iib-2 2o0p-d 1eq3-d 2p2e-d 1dw3-1 5xuo-d 1i7h-3 5tbx-2 1t2i-d 3dh2-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18441

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (8) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Harmonin

B: peptide from Cadherin-23

11.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: タンパク質	Harmonin / Antigen NY-CO-38/NY-CO-37 / Autoimmune enteropathy-related antigen AIE-75 / Protein PDZ-73 / Renal ...Antigen NY-CO-38/NY-CO-37 / Autoimmune enteropathy-related antigen AIE-75 / Protein PDZ-73 / Renal carcinoma antigen NY-REN-3 / Usher syndrome type-1C protein 分子量: 9567.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIE75, USH1C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9Y6N9
#2: タンパク質・ペプチド	peptide from Cadherin-23 分子量: 1908.287 Da / 分子数: 1 / Fragment: exon68 encoded peptide / Mutation: V103E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDH23, Ush1D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: F6U049, UniProt: Q9H251*PLUS

#1: タンパク質

Harmonin / Antigen NY-CO-38/NY-CO-37 / Autoimmune enteropathy-related antigen AIE-75 / Protein PDZ-73 / Renal ...

分子量: 9567.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIE75, USH1C / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9Y6N9

#2: タンパク質・ペプチド

peptide from Cadherin-23

分子量: 1908.287 Da / 分子数: 1 / Fragment: exon68 encoded peptide / Mutation: V103E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDH23, Ush1D / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: F6U049, UniProt: Q9H251*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D 1H-15N NOESY
1	3	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	4	1	3D CBCA(CO)NH
1	5	1	3D HN(CA)CB
1	6	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_1-1, 0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_2-2, 100 mM potassium phosphate-3, 1 mM DTT-4, 1 mM EDTA-5, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.6 mM	protein_1-1	[U-99% 13C; U-99% 15N]	1
0.6 mM	protein_2-2	[U-99% 13C; U-99% 15N]	1
100 mM	potassium phosphate-3		1
1 mM	DTT-4		1
1 mM	EDTA-5		1

試料状態

イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	500	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	750	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	構造決定
PIPP	Garrett	chemical shift assignment
CNS		精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 1695 / NOE intraresidue total count: 670 / NOE long range total count: 277 / NOE medium range total count: 362 / NOE sequential total count: 386 / Hydrogen bond constraints total count: 88 / Protein phi angle constraints total count: 69 / Protein psi angle constraints total count: 69

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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