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- PDB-2lpf: R state structure of monomeric phospholamban (C36A, C41F, C46A) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lpf
タイトルR state structure of monomeric phospholamban (C36A, C41F, C46A)
要素Cardiac phospholamban
キーワードMEMBRANE PROTEIN / phospholamban / excited state / dilated cardiomyopathy
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of calcium ion binding / phospholamban complex / circadian sleep/wake cycle, sleep / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / negative regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / regulation of relaxation of muscle / negative regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / regulation of the force of heart contraction by cardiac conduction / negative regulation of calcium ion import / calcium ion-transporting ATPase complex ...negative regulation of calcium ion binding / phospholamban complex / circadian sleep/wake cycle, sleep / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / negative regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / regulation of relaxation of muscle / negative regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / regulation of the force of heart contraction by cardiac conduction / negative regulation of calcium ion import / calcium ion-transporting ATPase complex / acrosome assembly / ATPase inhibitor activity / regulation of cardiac muscle cell contraction / cardiac muscle tissue development / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / negative regulation of heart rate / muscle cell cellular homeostasis / locomotor rhythm / regulation of calcium ion transport / enzyme inhibitor activity / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / Notch signaling pathway / sarcoplasmic reticulum membrane / mitochondrial membrane / visual learning / intracellular calcium ion homeostasis / ATPase binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Phospholamban / Phospholamban / Single helix bin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsmedian structure, model 1
データ登録者De Simone, A. / Montalvao, R.W. / Gustavsson, M. / Shi, L. / Veglia, G. / Vendruscolo, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structures of the Excited States of Phospholamban and Shifts in Their Populations upon Phosphorylation.
著者: De Simone, A. / Gustavsson, M. / Montalvao, R.W. / Shi, L. / Veglia, G. / Vendruscolo, M.
履歴
登録2012年2月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Database references
改定 1.22013年10月9日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cardiac phospholamban


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1501
ポリマ－6,1501
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 16000median structure
代表モデルモデル #1median structure

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要素

#1: タンパク質 Cardiac phospholamban / PLB


分子量: 6150.477 Da / 分子数: 1 / 変異: C36A, C41F, C46A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: PLN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61015

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1223D HNCO
1313D C(CO)NH
1412D 1H-15N HSQC
1522D 1H-15N HSQC
1632D 1H-15N HSQC
1712D HN(a/b-NCO-J)-TROSY
1822D HN(a/b-NC0-J)-TROSY
1913D C(CO)NH
11013D H(CCO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11-1.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Phospholamban, 120 mM sodium chloride, 5 % D2O, 20 mM sodium phosphate, 100 mM dodecylphosphocholine, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21-1.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Phospholamban, 120 mM sodium chloride, 5 % D2O, 20 mM sodium phosphate, 100 mM dodecylphosphocholine, 5.1 % acrylamide, 1.3 % bis-acrylamide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31-1.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Phospholamban, 120 mM sodium chloride, 5 % D2O, 20 mM sodium phosphate, 100 mM dodecylphosphocholine, 3.85 % acrylamide, 1.3 % bis-acrylamide, 1.25 % 2-(acrylamido)-2-methyl-1-propanesulfonic acid, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMPhospholamban-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1-1.51
120 mMsodium chloride-21
5 %D2O-31
20 mMsodium phosphate-41
100 mMdodecylphosphocholine-51
mMPhospholamban-6[U-99% 13C; U-99% 15N]1-1.52
120 mMsodium chloride-72
5 %D2O-82
20 mMsodium phosphate-92
100 mMdodecylphosphocholine-102
5.1 %acrylamide-112
1.3 %bis-acrylamide-122
mMPhospholamban-13[U-99% 13C; U-99% 15N]1-1.53
120 mMsodium chloride-143
5 %D2O-153
20 mMsodium phosphate-163
100 mMdodecylphosphocholine-173
3.85 %acrylamide-183
1.3 %bis-acrylamide-193
1.25 %2-(acrylamido)-2-methyl-1-propanesulfonic acid-203
試料状態イオン強度: 0.12 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VNMRS / 製造業者: Varian / モデル: VNMRS / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
GROMACSBerendsens et. al.精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Restrained molecular dynamics simulations implementing RDC
代表構造選択基準: median structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: median structure / 計算したコンフォーマーの数: 16000 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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