PDB-1n7l: Solution NMR structure of phospholamban in detergent micelles

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1n7l

タイトル

Solution NMR structure of phospholamban in detergent micelles

要素

Cardiac phospholamban

キーワード

SIGNALING PROTEIN / helix-turn-helix

機能・相同性

機能・相同性情報

phospholamban complex / negative regulation of calcium ion binding / circadian sleep/wake cycle, sleep / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / negative regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / regulation of relaxation of muscle / negative regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / regulation of the force of heart contraction by cardiac conduction / negative regulation of calcium ion import / calcium ion-transporting ATPase complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Zamoon, J. / Mascioni, A. / Thomas, D.D. / Veglia, G.

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2003
タイトル: NMR solution structure and topological orientation of monomeric phospholamban in dodecylphosphocholine micelles.
著者: Zamoon, J. / Mascioni, A. / Thomas, D.D. / Veglia, G.

履歴

登録	2002年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月27日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1n7l.cif.gz	388.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1n7l.ent.gz	328.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1n7l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1n7l_validation.pdf.gz	351.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1n7l_full_validation.pdf.gz	491.5 KB	表示
XML形式データ	1n7l_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	1n7l_validation.cif.gz	34.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/1n7l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/1n7l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2kwt-d 2m3e-d 2m67-d 2ymy-d 2eox-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cardiac phospholamban

6.15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #15	fewest violations

#1: タンパク質	Cardiac phospholamban / PLB 分子量: 6150.477 Da / 分子数: 1 / 変異: C37A C42F C47A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: PLN / プラスミド: pMAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3phi / 参照: UniProt: P61015

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated TOCSY
1	3	1	HNCA
1	4	1	HN(CO)CA
1	5	1	HN(CA)CB
1	6	1	HNCO

-
試料調製

詳細	内容: 1 mM phospholamban U-15N,13C; 20 mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O; pH=4.2; 600 mM DPC;
試料状態	pH: 4.2 / 圧: 1 atm / 温度: 323 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR		Varian	collection
NMRPipe		Frank Delaglio	解析
NMRView	5	Bruce A. Johnson	データ解析
XPLOR-NIH	2.0.4	G. Marius Clore , John Kuszewski, Charles D. Schwieters, and Nico Tjandra	構造決定
XPLOR-NIH	2.0.4	Clore	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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