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万見
- PDB-2lmi: NMR structure of the protein BC040485 from Homo sapiens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lmi
タイトルNMR structure of the protein BC040485 from Homo sapiens
要素G-rich sequence factor 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / G-rich RNA sequence binding factor / RNA binding domain / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / PSI-Biology / Partnership for T-Cell Biology / TCELL
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mitochondrial RNA catabolic process / mitochondrial RNA catabolic process / Mitochondrial RNA degradation / morphogenesis of embryonic epithelium / ribonucleoprotein granule / anterior/posterior pattern specification / tRNA processing / mitochondrial nucleoid / regulation of RNA splicing / Viral mRNA Translation ...positive regulation of mitochondrial RNA catabolic process / mitochondrial RNA catabolic process / Mitochondrial RNA degradation / morphogenesis of embryonic epithelium / ribonucleoprotein granule / anterior/posterior pattern specification / tRNA processing / mitochondrial nucleoid / regulation of RNA splicing / Viral mRNA Translation / mRNA processing / G-quadruplex RNA binding / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GRSF-1, RNA recognition motif 2 / GRSF-1, RNA recognition motif 1 / GRSF-1, RNA recognition motif 3 / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily ...GRSF-1, RNA recognition motif 2 / GRSF-1, RNA recognition motif 1 / GRSF-1, RNA recognition motif 3 / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
G-rich sequence factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model 8
データ登録者Dutta, S.K. / Serrano, P. / Geralt, M. / Wuthrich, K. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for T-Cell Biology (TCELL)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of the human RNA binding protein BC040485
著者: Dutta, S.K. / Serrano, P. / Geralt, M. / Wuthrich, K. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for T-Cell Biology (TCELL)
履歴
登録2011年12月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G-rich sequence factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4431
ポリマ－12,4431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 G-rich sequence factor 1 / GRSF-1


分子量: 12443.009 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM 1 domain residues 140-245 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRSF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12849

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HNCA
1413D HN(CA)CB
1514D HACANH
1615D (HA)CA(CO)NH
1715D CBCA(CO)NH
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY aliphatic
11013D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細内容: 1.2 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] protein, 20 mM sodium phosphate, 5 mM sodium azide, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMentity-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
20 mMsodium phosphate-21
5 mMsodium azide-31
50 mMsodium chloride-41
試料状態イオン強度: 0.08 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAG ntert P.構造決定
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
OPALLuginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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