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万見
- PDB-2lgy: Ubiquitin-like domain from HOIL-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lgy
タイトルUbiquitin-like domain from HOIL-1
要素RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1
キーワードLIGASE / ubiquitin / HOIP / E3 ligase / UBLD
機能・相同性
機能・相同性情報


protein linear polyubiquitination / LUBAC complex / RBR-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of necroptotic process / ubiquitin ligase activator activity / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / TNFR1-induced proapoptotic signaling / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / protein sequestering activity ...protein linear polyubiquitination / LUBAC complex / RBR-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of necroptotic process / ubiquitin ligase activator activity / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / TNFR1-induced proapoptotic signaling / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / protein sequestering activity / Regulation of TNFR1 signaling / ubiquitin binding / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / T cell receptor signaling pathway / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to bacterium / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / LUBAC thetering domain / : / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Zinc finger domain ...: / : / : / LUBAC thetering domain / : / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Zinc finger domain / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model 4
データ登録者Beasley, S.A. / Shaw, G.S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Solution structure of the E3 ligase HOIL-1 Ubl domain.
著者: Beasley, S.A. / Safadi, S.S. / Barber, K.R. / Shaw, G.S.
履歴
登録2011年8月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3541
ポリマ－10,3541
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1 / HBV-associated factor 4 / Heme-oxidized IRP2 ubiquitin ligase 1 / HOIL-1 / Hepatitis B virus X- ...HBV-associated factor 4 / Heme-oxidized IRP2 ubiquitin ligase 1 / HOIL-1 / Hepatitis B virus X-associated protein 4 / RING finger protein 54 / Ubiquitin-conjugating enzyme 7-interacting protein 3


分子量: 10353.765 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 51-139 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBCK1, C20orf18, RNF54, UBCE7IP3, XAP3, XAP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Codon Plus RIL
参照: UniProt: Q9BYM8, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: HOIL-1 UBL
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HNCO
1323D HN(CA)CO
1423D HNCA
1523D HN(CO)CA
1623D HN(CA)CB
1723D CBCA(CO)NH
1823D C(CO)NH
1923D H(CCO)NH
11033D (H)CCH-TOCSY
11133D (H)CCH-COSY aromatic
11232D 1H-13C HSQC aromatic
11332D 1H-13C HSQC aliphatic
11433D 1H-13C NOESY aliphatic
11533D 1H-13C NOESY aromatic
11613D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
110 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 50 mM potassium chloride, 30 uM DSS, 0.2 mM [U-15N] HOIL-1 Ubl, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
210 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 50 mM potassium chloride, 30 uM DSS, 0.2 mM [U-13C; U-15N] HOIL-1 Ubl, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
310 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 50 mM potassium chloride, 30 uM DSS, 0.2 mM [U-13C; U-15N] HOIL-1 Ubl, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mMpotassium phosphate-11
1 mMEDTA-21
50 mMpotassium chloride-31
30 uMDSS-41
0.2 mMHOIL-1 Ubl-5[U-15N]1
10 mMpotassium phosphate-62
1 mMEDTA-72
50 mMpotassium chloride-82
30 uMDSS-92
0.2 mMHOIL-1 Ubl-10[U-13C; U-15N]2
10 mMpotassium phosphate-113
1 mMEDTA-123
50 mMpotassium chloride-133
30 uMDSS-143
0.2 mMHOIL-1 Ubl-15[U-13C; U-15N]3
試料状態イオン強度: 61 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe5Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDraw5Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIH2.11.0Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
TALOStalosplusCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
NMRView8.0.rc47Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRView8.0.rc47Johnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRView8.0.rc47Johnson, One Moon Scientificデータ解析
ProcheckLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thostructure verification
VnmrJ2.1BVariancollection
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: based on modified RECOORD scripts
NMR constraintsNOE constraints total: 1194 / Protein phi angle constraints total count: 65 / Protein psi angle constraints total count: 65
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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