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- PDB-1jc6: SOLUTION STRUCTURE OF BUNGARUS FACIATUS IX, A KUNITZ-TYPE CHYMOTR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jc6
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF BUNGARUS FACIATUS IX, A KUNITZ-TYPE CHYMOTRYPSIN INHIBITOR
要素VENOM BASIC PROTEASE INHIBITORS IX AND VIIIB
キーワードTOXIN / snake venom / Kunitz inhibitor / protease inhibitor / neurotoxin / solution structure / BF IX / Chymotrypsin Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium channel regulator activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / toxin activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily ...: / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Kunitz-type serine protease inhibitor IX
類似検索 - 構成要素
生物種Bungarus fasciatus (コブラ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Chen, C. / Hsu, C.H. / Su, N.Y. / Chiou, S.H. / Wu, S.H.
引用
ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2001
タイトル: Solution structure of a Kunitz-type chymotrypsin inhibitor isolated from the elapid snake Bungarus fasciatus
著者: Chen, C. / Hsu, C.H. / Su, N.Y. / Lin, Y.C. / Chiou, S.H. / Wu, S.H.
#1: ジャーナル: INT.J.PEPT.PROTEIN RES. / 年: 1983
タイトル: Complete amino acid sequences of two protease inhibitors in the venom of Bungarus fasciatus
著者: Liu, C.S. / Wu, T.C. / Lo, T.B.
履歴
登録2001年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VENOM BASIC PROTEASE INHIBITORS IX AND VIIIB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3051
ポリマ－7,3051
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 90The submitted conformer models are the 10 structures with the lowest
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 VENOM BASIC PROTEASE INHIBITORS IX AND VIIIB


分子量: 7305.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bungarus fasciatus (コブラ) / 組織: VENOM / 参照: UniProt: P25660
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121DQF-COSY
131TOCSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細内容: 2mM BF IX; 50mM phosphate buffer NA; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
131 atm310 K
231 atm300 K
33.881 atm310 K
43.881 atm300 K
571 atm310 K
671 atm300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AMXBrukerAMX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.5Karlsruhe解析
AURELIA2.1.3Karlsruheデータ解析
X-PLOR98Brunger構造決定
X-PLOR98Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 599 restraints, 536 are NOE-derived distance constraints, 33 dihedral angle restraints, 30 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The submitted conformer models are the 10 structures with the lowest
計算したコンフォーマーの数: 90 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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