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- PDB-1uxd: Fructose repressor DNA-binding domain, NMR, 34 structures -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uxd
タイトルFructose repressor DNA-binding domain, NMR, 34 structures
要素FRUCTOSE REPRESSOR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION / DNA-BINDING PROTEIN / FRUCTOSE REPRESSOR / LACI FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


response to fructose / regulation of DNA-templated transcription initiation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
D-fructose-responsive transcription factor / Periplasmic binding protein/LacI sugar binding domain / Periplasmic binding proteins and sugar binding domain of LacI family / LacI-type HTH domain signature. / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) ...D-fructose-responsive transcription factor / Periplasmic binding protein/LacI sugar binding domain / Periplasmic binding proteins and sugar binding domain of LacI family / LacI-type HTH domain signature. / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Periplasmic binding protein-like I / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Catabolite repressor/activator
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING
データ登録者Penin, F. / Geourjon, C. / Montserret, R. / Bockmann, A. / Lesage, A. / Yang, Y. / Bonod-Bidaud, C. / Cortay, J.C. / Negre, D. / Cozzone, A.J. / Deleage, G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Three-dimensional structure of the DNA-binding domain of the fructose repressor from Escherichia coli by 1H and 15N NMR.
著者: Penin, F. / Geourjon, C. / Montserret, R. / Bockmann, A. / Lesage, A. / Yang, Y.S. / Bonod-Bidaud, C. / Cortay, J.C. / Negre, D. / Cozzone, A.J. / Deleage, G.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1996
タイトル: Rapid Estimation of Relative Amide Proton Exchange Rates of 15 N-Labelled Proteins by a Straightforward Water Selective Noesy-Hsqc Experiment
著者: Bockmann, A. / Penin, F. / Guittet, E.
#2: ジャーナル: Gene / 年: 1995
タイトル: Overproduction, Purification and Structural Characterization of the Functional N-Terminal DNA-Binding Domain of the Fru Repressor from Escherichia Coli K-12
著者: Scarabel, M. / Penin, F. / Bonod-Bidaud, C. / Negre, D. / Cozzone, A.J. / Cortay, J.C.
履歴
登録1996年12月26日処理サイト: BNL
改定 1.01997年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FRUCTOSE REPRESSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3961
ポリマ－7,3961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)34 / 50RMSD AND ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 FRUCTOSE REPRESSOR / FRUR (1-57)


分子量: 7396.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
解説: OVERPRODUCED IN FUSION WITH A LQHHHHHH SEQUENCE IN C-TERMINAL END (RESIDUES 58 TO 65)
Variant: K12 / プラスミド: PCB4 / 遺伝子 (発現宿主): FRUR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACP1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
121TOCSY
131NOESY 15N HSQC
141J-HMQC 3D-15N HMQC-TOCSY
1513D-15N NOESY HSQC

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試料調製

試料状態pH: 5.9 / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
XPLOR3.1構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: RMSD AND ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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