PDB-2j6d: CONKUNITZIN-S2 - CONE SNAIL NEUROTOXIN - DENOVO STRUCTURE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j6d

タイトル

CONKUNITZIN-S2 - CONE SNAIL NEUROTOXIN - DENOVO STRUCTURE

要素

CONKUNITZIN-S2

キーワード

TOXIN / PROTEASE INHIBITOR / IONIC CHANNEL INHIBITOR / KUNITZ-DOMAIN / KUNITZ-TYPE FOLD / DENOVO STRUCTURE / SERINE PROTEASE INHIBITOR / POTASSIUM CHANNEL INHIBITOR / AMIDATION / NEUROTOXIN / CONKUNITZIN

機能・相同性

Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Few Secondary Structures / Irregular

機能・相同性情報

生物種

CONUS STRIATUS (ニシキミナシ)

手法

溶液NMR / FASTNMR

データ登録者

Korukottu, J. / Bayrhuber, M. / Montaville, P. / Vijayan, V. / Jung, Y.-S. / Becker, S. / Zweckstetter, M.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2007
タイトル: Fast High-Resolution Protein Structure Determination by Using Unassigned NMR Data.
著者: Korukottu, J. / Bayrhuber, M. / Montaville, P. / Vijayan, V. / Jung, Y.-S. / Becker, S. / Zweckstetter, M.

履歴

登録	2006年9月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年6月23日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j6d.cif.gz	443.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j6d.ent.gz	380.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j6d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2j6d_validation.pdf.gz	241.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2j6d_full_validation.pdf.gz	374 KB	表示
XML形式データ	2j6d_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	2j6d_validation.cif.gz	43 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/2j6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/2j6d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2rel-d 2b7t-d 3zob-d 1adz-d 1psf-d 1hyj-d 5wdz-d 1uxd-d 2lgy-d 6ee7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CONKUNITZIN-S2

7.22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / -
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	CONKUNITZIN-S2 分子量: 7221.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) CONUS STRIATUS (ニシキミナシ)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細	Text: NONE

-
試料調製

試料状態	温度: 310.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AM	Bruker	AM	600	1
	Bruker		700	2
	Bruker		900	3

-
解析

NMR software	名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
精密化	手法: FASTNMR / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブル	登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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