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万見
- PDB-6qbi: NMR structure of BB_P28, Borrelia burgdorferi outer surface lipop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qbi
タイトルNMR structure of BB_P28, Borrelia burgdorferi outer surface lipoprotein
要素Surface protein, mlp lipoprotein family
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Lipoprotein
機能・相同性Mlp lipoprotein / Mlp lipoprotein family / cell outer membrane / Lipoprotein MlpA
機能・相同性情報
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Fridmanis, J. / Otikovs, M. / Brangulis, K. / Jaudzems, K.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2020
タイトル: Solution NMR structure of Borrelia burgdorferi outer surface lipoprotein BBP28, a member of the mlp protein family.
著者: Fridmanis, J. / Otikovs, M. / Brangulis, K. / Tars, K. / Jaudzems, K.
履歴
登録2018年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Surface protein, mlp lipoprotein family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0381
ポリマ－11,0381
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6160 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Surface protein, mlp lipoprotein family


分子量: 11038.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (strain ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680) (バクテリア)
株: ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680 / 遺伝子: mlpA, BB_P28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H7C7P1
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
121isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
131isotropic13D 1H-15N NOESY
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HNCA
1101isotropic13D CBCA(CO)NH
191isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D HN(CO)CA

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.03 % w/v sodium azide, 1 mM EDTA, 2 mM U-C13, N15 BB_P28, 93% H2O/7% D2O
Label: BBP28_C13_N15 / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
0.03 % w/vsodium azidenatural abundance1
1 mMEDTAnatural abundance1
2 mMBB_P28U-C13, N151
試料状態イオン強度: 0.08 M / Ionic strength err: 0.01 / Label: Standart / pH: 6.8 / PH err: 0.1 / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CANDID2.02Herrmann, Guntert and Wuthrichstructure calculation
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8.4Keller and Wuthrichpeak picking
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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