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万見
- PDB-2le8: The protein complex for DNA replication -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2le8
タイトルThe protein complex for DNA replication
要素
  • DNA replication factor Cdt1
  • DNA replication licensing factor MCM6
キーワードREPLICATION / DNA replication
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication preinitiation complex assembly / response to sorbitol / positive regulation of DNA-templated DNA replication / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / Switching of origins to a post-replicative state / Unwinding of DNA / negative regulation of DNA-templated DNA replication / mitotic DNA replication / DNA replication checkpoint signaling / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore ...DNA replication preinitiation complex assembly / response to sorbitol / positive regulation of DNA-templated DNA replication / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / Switching of origins to a post-replicative state / Unwinding of DNA / negative regulation of DNA-templated DNA replication / mitotic DNA replication / DNA replication checkpoint signaling / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / CMG complex / MCM complex / double-strand break repair via break-induced replication / positive regulation of chromatin binding / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G1/S-Specific Transcription / negative regulation of cell cycle / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / Activation of ATR in response to replication stress / DNA polymerase binding / positive regulation of DNA replication / Assembly of the pre-replicative complex / kinetochore / Orc1 removal from chromatin / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / DNA helicase / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / four-way junction helicase activity / chromosome, telomeric region / DNA replication / nuclear body / cell division / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #870 / CDT1 Geminin-binding domain-like / DNA replication factor Cdt1 / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor Cdt1, C-terminal / DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain superfamily / DNA replication factor Cdt1 C-terminal domain / DNA replication licensing factor Mcm6 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #870 / CDT1 Geminin-binding domain-like / DNA replication factor Cdt1 / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor Cdt1, C-terminal / DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain superfamily / DNA replication factor Cdt1 C-terminal domain / DNA replication licensing factor Mcm6 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication licensing factor MCM6 / DNA replication factor Cdt1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Liu, C. / Wei, Z. / Zhu, G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Structural insights into the Cdt1-mediated MCM2-7 chromatin loading
著者: Liu, C. / Wu, R. / Zhou, B. / Wang, J. / Wei, Z. / Tye, B.K. / Liang, C. / Zhu, G.
履歴
登録2011年6月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA replication licensing factor MCM6
B: DNA replication factor Cdt1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6662
ポリマ－16,6662
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM6 / p105MCM


分子量: 13303.877 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 708-821 / 変異: C18S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14566
#2: タンパク質・ペプチド DNA replication factor Cdt1 / Double parked homolog / DUP


分子量: 3361.915 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 413-440 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H211

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D C(CO)NH
1613D H(CCO)NH
1723D (H)CCH-TOCSY
1813D 1H-13C NOESY
1913D 1H-15N NOESY
110113C/15N filtered-C13 edited NOE
11112D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
125 mM MES-1, 300 mM sodium chloride-2, 1 % glycerol-3, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_2-4, 1 mM entity_1-5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
225 mM [U-100% 15N] MES-6, 300 mM sodium chloride-7, 1 % glycerol-8, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-9, 1.0 mM entity_2-10, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
325 mM MES-11, 300 mM sodium chloride-12, 1 % glycerol-13, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-14, 1.0 mM entity_2-15, 100% D2O100% D2O
425 mM MES-16, 300 mM sodium chloride-17, 1 % glycerol-18, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_2-19, 1.0 mM entity_1-20, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
25 mMMES-11
300 mMsodium chloride-21
1 %glycerol-31
0.8 mMentity_2-4[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1 mMentity_1-51
25 mMMES-6[U-100% 15N]2
300 mMsodium chloride-72
1 %glycerol-82
0.8 mMentity_1-9[U-100% 13C; U-100% 15N]2
1.0 mMentity_2-102
25 mMMES-113
300 mMsodium chloride-123
1 %glycerol-133
0.8 mMentity_1-14[U-100% 13C; U-100% 15N]3
1.0 mMentity_2-153
25 mMMES-164
300 mMsodium chloride-174
1 %glycerol-184
0.8 mMentity_2-19[U-100% 13C; U-100% 15N]4
1.0 mMentity_1-204
試料状態イオン強度: 3 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称開発者分類
VNMRVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
HADDOCK1.3Alexandre Bonvin精密化
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurgeometry optimization
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 19 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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