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万見
- PDB-2ldz: SOLUTION STRUCTURE OF THE LEAD-DEPENDENT RIBOZYME, NMR, MINIMIZED... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ldz
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE LEAD-DEPENDENT RIBOZYME, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素LEAD-DEPENDENT RIBOZYME
キーワードRNA / CATALYTIC RNA / INTERNAL LOOPS / LEADZYME / NMR SPECTROSCOPY / RNA STRUCTURE
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING FROM RANDOM TORSION ANGLES
データ登録者Hoogstraten, C.G. / Legault, P. / Pardi, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: NMR solution structure of the lead-dependent ribozyme: evidence for dynamics in RNA catalysis.
著者: Hoogstraten, C.G. / Legault, P. / Pardi, A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Order, Dynamics and Metal-Binding in the Lead-Dependent Ribozyme
著者: Legault, P. / Hoogstraten, C.G. / Metlitzky, E. / Pardi, A.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Properties of an in Vitro Selected Pb2+ Cleavage Motif
著者: Pan, T. / Dichtl, B. / Uhlenbeck, O.C.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: A Small Metalloribozyme with a Two-Step Mechanism
著者: Pan, T. / Uhlenbeck, O.C.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: In Vitro Selection of Rnas that Undergo Autolytic Cleavage with Pb2+
著者: Pan, T. / Uhlenbeck, O.C.
履歴
登録1998年8月18日処理サイト: BNL
改定 1.01999年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月5日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEAD-DEPENDENT RIBOZYME


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7621
ポリマ－9,7621
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 25NO NOE VIOLATIONS GREATER THAN 0.3 A, NO DIHEDRAL VIOLATIONS GREATER THAN 3 DEGREES, GOOD STEREOCHEMICAL QUALITY, TOTAL ENERGY LESS THAN -120 KCAL/MOL, NOE PSEUDOENERGY LESS THAN 4 KCAL/ MOL
代表モデル

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要素

#1: RNA鎖 LEAD-DEPENDENT RIBOZYME / LEADZYME


分子量: 9761.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: PREPARED BY IN VITRO TRANSCRIPTION FROM SYNTHETIC DNA TEMPLATE

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121CPMG-NOESY
131BD-NOESY
141CBD-NOESY
151NOESY-HSQC
161CBD-NOESY-HSQC
171HMQC-NOESY-HSQC
181(H)CCH-E.COSY
191DIRECTED HCC-TOCSY-CCH-E.COSY
1101SPIN-ECHO DIFFERENCE CT-(H)CCH-COSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED FROM DISTANCE AND TORSION ANGLE RESTRAINTS DERIVED USING UNLABELED, 15N-LABELED, AND 13C, 15N-LABELED SAMPLES OF THE LEADZYME PREPARED BY IN VITRO TRANSCRIPTION.

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試料調製

詳細内容: H2O/D2O
試料状態イオン強度: 0.1 M / pH: 5.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5001
Bruker UNITYINOVABrukerUNITYINOVA6002
Bruker DMXBrukerDMX7503

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR3.1構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING FROM RANDOM TORSION ANGLES / ソフトェア番号: 1
詳細: A COMPLETE SET OF REFINEMENT MACROS, ALONG WITH ASSOCIATED FILES, IS AVAILABLE UPON REQUEST TO THE AUTHORS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NO NOE VIOLATIONS GREATER THAN 0.3 A, NO DIHEDRAL VIOLATIONS GREATER THAN 3 DEGREES, GOOD STEREOCHEMICAL QUALITY, TOTAL ENERGY LESS THAN -120 KCAL/MOL, NOE ...コンフォーマー選択の基準: NO NOE VIOLATIONS GREATER THAN 0.3 A, NO DIHEDRAL VIOLATIONS GREATER THAN 3 DEGREES, GOOD STEREOCHEMICAL QUALITY, TOTAL ENERGY LESS THAN -120 KCAL/MOL, NOE PSEUDOENERGY LESS THAN 4 KCAL/ MOL
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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