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万見
- PDB-2lcp: NMR structure of calcium loaded, un-myristoylated human NCS-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lcp
タイトルNMR structure of calcium loaded, un-myristoylated human NCS-1
要素Neuronal calcium sensor 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / neuronal calcium sensor / EF-hand / calcium binding
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / regulation of neuron projection development / regulation of signal transduction / voltage-gated calcium channel activity / postsynaptic density / axon / intracellular membrane-bounded organelle / dendrite / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm ...calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / regulation of neuron projection development / regulation of signal transduction / voltage-gated calcium channel activity / postsynaptic density / axon / intracellular membrane-bounded organelle / dendrite / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Recoverin family / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...Recoverin family / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuronal calcium sensor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Heidarsson, P.O. / Bjerrum-Bohr, I.J. / Bellucci, L. / Gitte, J. / Corni, S. / Poulsen, F.M. / Finn, B.E. / Di Felice, R. / Kragelund, B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: The C-terminal tail of human neuronal calcium sensor 1 regulates the conformational stability of the ca(2+)-activated state.
著者: Heidarsson, P.O. / Bjerrum-Bohr, I.J. / Jensen, G.A. / Pongs, O. / Finn, B.E. / Poulsen, F.M. / Kragelund, B.B.
履歴
登録2011年5月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月14日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuronal calcium sensor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0234
ポリマ－21,9031
非ポリマー1203
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Neuronal calcium sensor 1 / NCS-1 / Frequenin homolog / Frequenin-like protein / Frequenin-like ubiquitous protein


分子量: 21902.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCS1, FLUP, FREQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62166
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D C(CO)NH
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HN(CA)CB
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D HN(CO)CA
1923D (H)CCH-TOCSY
11043D 1H-15N NOESY
11143D 1H-15N TOCSY
11223D 1H-13C NOESY aliphatic
11323D 1H-13C NOESY aromatic
11423D 1H-13C NOESY aliphatic
11513D HCACO
11633D-13C-(H)CCH-TOCSY aliphatic
11733D-13C-(H)CCH-TOCSY aromatic
11833D 13C-HSQC-NOESY aliphatic
11933D 13C-HSQC-NOESY aromatic regions

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] hNCS-1, 8 mM CALCIUM ION, 14 mM DTT, 8 mM CALCIUM ION, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] hNCS-1, 8 mM CALCIUM ION, 14 mM DTT, 100% D2O100% D2O
30.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] hNCS-1, 10 mM CALCIUM ION, 2 mM TCEP, 10 mM TRIS, 100% D2O100% D2O
40.6 mM [U-99% 15N] hNCS-1, 10 mM CALCIUM ION, 6 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.4 mMhNCS-1-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
8 mMCALCIUM ION-21
14 mMDTT-31
8 mMCALCIUM ION-41
1.4 mMhNCS-1-5[U-99% 13C; U-99% 15N]2
8 mMCALCIUM ION-62
14 mMDTT-72
0.8 mMhNCS-1-8[U-99% 13C; U-99% 15N]3
10 mMCALCIUM ION-93
2 mMTCEP-103
10 mMTRIS-113
0.6 mMhNCS-1-12[U-99% 15N]4
10 mMCALCIUM ION-134
6 mMDTT-144
試料状態イオン強度: 0 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UnityPlusVarianUNITYPLUS6001
Varian UnityVarianUNITY8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1315 / NOE intraresidue total count: 157 / NOE long range total count: 319 / NOE medium range total count: 395 / NOE sequential total count: 426 / Protein phi angle constraints total count: 124 / Protein psi angle constraints total count: 124
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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