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- PDB-4kui: Crystal structure of N-terminal acetylated yeast Sir3 BAH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kui
タイトルCrystal structure of N-terminal acetylated yeast Sir3 BAH domain
要素Regulatory protein SIR3
キーワードTRANSCRIPTION / BAH domain / silencing / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of protein-containing complex localization to telomere / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / telomere tethering at nuclear periphery / chromatin silencing complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / silent mating-type cassette heterochromatin formation / negative regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation ...establishment of protein-containing complex localization to telomere / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / telomere tethering at nuclear periphery / chromatin silencing complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / silent mating-type cassette heterochromatin formation / negative regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation / heterochromatin / nucleosome binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / heterochromatin formation / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / nucleic acid binding / chromosome, telomeric region / chromatin binding / nucleolus / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Regulatory protein SIR3, C-terminal domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / AAA lid domain / AAA lid domain / : / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily ...: / Regulatory protein SIR3, C-terminal domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / AAA lid domain / AAA lid domain / : / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / SH3 type barrels. / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / ISOPROPYL ALCOHOL / Regulatory protein SIR3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Yang, D. / Fang, Q. / Wang, M. / Ren, R. / Wang, H. / He, M. / Sun, Y. / Yang, N. / Xu, R.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: N alpha-acetylated Sir3 stabilizes the conformation of a nucleosome-binding loop in the BAH domain.
著者: Yang, D. / Fang, Q. / Wang, M. / Ren, R. / Wang, H. / He, M. / Sun, Y. / Yang, N. / Xu, R.M.
履歴
登録2013年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein SIR3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8943
ポリマ－26,7741
非ポリマー1202
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.599, 44.768, 60.487
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-558-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein SIR3 / Silent information regulator 3


分子量: 26774.293 Da / 分子数: 1 / 断片: BAH domain, UNP residues 2-219 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SIR3, CMT1, MAR2, STE8, YLR442C, L9753.10 / Cell (発現宿主): SF21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P06701
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 18% 2-propanol, 0.2M CaCl, 0.1M sodium acetate (pH4.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 21272 / Num. obs: 20961 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2082 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FVU

2fvu


解像度: 1.85→35.013 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.829 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1994 1056 5.05 %RANDOM
Rwork0.1711 ---
obs0.1727 20930 98.09 %-
all-21272 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.671 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 97.31 Å2 / Biso mean: 38.3962 Å2 / Biso min: 17.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.625 Å20 Å2-5.5101 Å2
2--4.8175 Å2-0 Å2
3---0.8075 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→35.013 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1704 0 8 227 1939
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061790
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9942431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.257680
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004311
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8438-1.92770.34311210.2619241796
1.9277-2.02930.28911390.2219245598
2.0293-2.15650.23651150.1687251099
2.1565-2.32290.24161310.1761245898
2.3229-2.55660.23561420.1798246498
2.5566-2.92640.22941180.1773252299
2.9264-3.68640.19881520.1627249499
3.6864-35.01930.14921380.1553255498
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.7615 Å / Origin y: 11.7475 Å / Origin z: -12.132 Å
111213212223313233
T0.1513 Å2-0.0019 Å2-0.015 Å2-0.1416 Å20.0012 Å2--0.1536 Å2
L2.5582 °2-0.0261 °21.8803 °2-0.7059 °2-0.2246 °2--3.2696 °2
S0.0577 Å °-0.1562 Å °-0.111 Å °-0.0358 Å °0.0365 Å °0.0739 Å °0.035 Å °-0.1988 Å °-0.0722 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 215
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 627
3X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 301
4X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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