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- PDB-2lck: Structure of the mitochondrial uncoupling protein 2 determined by... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lck
タイトルStructure of the mitochondrial uncoupling protein 2 determined by NMR molecular fragment replacement
要素Mitochondrial uncoupling protein 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / membrane protein / proton translocator / mitochondrial carrier / Structural Genomics / Membrane Protein Structures by Solution NMR / MPSbyNMR / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


The fatty acid cycling model / : / oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial transmembrane transport / : / adaptive thermogenesis / : / response to fatty acid / response to superoxide / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus ...The fatty acid cycling model / : / oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial transmembrane transport / : / adaptive thermogenesis / : / response to fatty acid / response to superoxide / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / mitochondrial transport / cellular response to amino acid starvation / response to cold / regulation of mitochondrial membrane potential / female pregnancy / liver regeneration / cellular response to glucose stimulus / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of cold-induced thermogenesis / mitochondrial inner membrane / membrane => GO:0016020 / response to hypoxia / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial carrier UCP-like / Mitochondrial carrier fold / Mitochondrial carrier domain / Mitochondrial substrate/solute carrier / Mitochondrial carrier domain superfamily / Mitochondrial carrier protein / Solute carrier (Solcar) repeat profile. / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial uncoupling protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / RDC-based Molecular Fragment Replacement, simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Berardi, M.J. / Chou, J.J. / Membrane Protein Structures by Solution NMR (MPSbyNMR)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Mitochondrial uncoupling protein 2 structure determined by NMR molecular fragment searching.
著者: Berardi, M.J. / Shih, W.M. / Harrison, S.C. / Chou, J.J.
履歴
登録2011年4月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月17日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial uncoupling protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0561
ポリマ－33,0561
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 30structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Mitochondrial uncoupling protein 2 / UCP 2 / Solute carrier family 25 member 8 / UCPH


分子量: 33056.074 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 14-309 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ucp2, Slc25a8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta DE3 / 参照: UniProt: P70406

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N TROSY-HSQC
1213D TROSY-HNCA
1313D TROSY-HN(CO)CA
1413D TROSY-HN(CA)CB
1513D TROSY-HN(CO)CACB
1613D TROSY-HN(CA)CO
1713D TROSY-HNCO
1813D (HN,HN)-HMQC-NOESY-TROSY
1913D J(NH)-scaled TROSY-HNCO
11023D J(NH)-scaled TROSY-HNCO
11113D quantitative J(C'Ca) TROSY-HNCO
11223D quantitative J(C'Ca) TROSY-HNCO
11313D quantitative J(C'N) TROSY-HNCO
11423D quantitative J(C'N) TROSY-HNCO
11533D TROSY-HNCO
11643D TROSY-HNCO
11753D TROSY-HNCO
11863D TROSY-HNCO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] UCP2, 5 mM guanosine diphosphate, 150 mM dodecylphosphocholine, 1 mM cardiolipin, 2 mM dimyristoyl-phosphatidylcholine, 5 mM beta-mercatpoethanol, 30 mM potassium phosphate, 80 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] UCP2, 5 mM guanosine diphosphate, 150 mM dodecylphosphocholine, 1 mM cardiolipin, 2 mM dimyristoyl-phosphatidylcholine, 5 mM beta-mercatpoethanol, 30 mM potassium phosphate, 80 mM sodium chloride, 2 w/v DNA nanotube, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] UCP2-SL1, 5 mM guanosine diphosphate, 150 mM dodecylphosphocholine, 1 mM cardiolipin, 2 mM dimyristoyl-phosphatidylcholine, 5 mM beta-mercatpoethanol, 30 mM potassium phosphate, 80 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
40.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] UCP2-SL2, 5 mM guanosine diphosphate, 150 mM dodecylphosphocholine, 1 mM cardiolipin, 2 mM dimyristoyl-phosphatidylcholine, 5 mM beta-mercatpoethanol, 30 mM potassium phosphate, 80 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
50.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] UCP2-SL3, 5 mM guanosine diphosphate, 150 mM dodecylphosphocholine, 1 mM cardiolipin, 2 mM dimyristoyl-phosphatidylcholine, 5 mM beta-mercatpoethanol, 30 mM potassium phosphate, 80 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
60.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] UCP2-SL4, 5 mM guanosine diphosphate, 150 mM dodecylphosphocholine, 1 mM cardiolipin, 2 mM dimyristoyl-phosphatidylcholine, 5 mM beta-mercatpoethanol, 30 mM potassium phosphate, 80 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMUCP2-1[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]1
5 mMguanosine diphosphate-21
150 mMdodecylphosphocholine-31
1 mMcardiolipin-41
2 mMdimyristoyl-phosphatidylcholine-51
5 mMbeta-mercatpoethanol-61
30 mMpotassium phosphate-71
80 mMsodium chloride-81
0.5 mMUCP2-9[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]2
5 mMguanosine diphosphate-102
150 mMdodecylphosphocholine-112
1 mMcardiolipin-122
2 mMdimyristoyl-phosphatidylcholine-132
5 mMbeta-mercatpoethanol-142
30 mMpotassium phosphate-152
80 mMsodium chloride-162
2 w/vDNA nanotube-172
0.8 mMUCP2-SL1-18[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]3
5 mMguanosine diphosphate-193
150 mMdodecylphosphocholine-203
1 mMcardiolipin-213
2 mMdimyristoyl-phosphatidylcholine-223
5 mMbeta-mercatpoethanol-233
30 mMpotassium phosphate-243
80 mMsodium chloride-253
0.8 mMUCP2-SL2-26[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]4
5 mMguanosine diphosphate-274
150 mMdodecylphosphocholine-284
1 mMcardiolipin-294
2 mMdimyristoyl-phosphatidylcholine-304
5 mMbeta-mercatpoethanol-314
30 mMpotassium phosphate-324
80 mMsodium chloride-334
0.8 mMUCP2-SL3-34[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]5
5 mMguanosine diphosphate-355
150 mMdodecylphosphocholine-365
1 mMcardiolipin-375
2 mMdimyristoyl-phosphatidylcholine-385
5 mMbeta-mercatpoethanol-395
30 mMpotassium phosphate-405
80 mMsodium chloride-415
0.8 mMUCP2-SL4-42[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]6
5 mMguanosine diphosphate-436
150 mMdodecylphosphocholine-446
1 mMcardiolipin-456
2 mMdimyristoyl-phosphatidylcholine-466
5 mMbeta-mercatpoethanol-476
30 mMpotassium phosphate-486
80 mMsodium chloride-496
試料状態イオン強度: 150 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 33 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDraw3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
X-PLOR NIH2.26Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.26Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
In_house_python_script精密化
精密化手法: RDC-based Molecular Fragment Replacement, simulated annealing
ソフトェア番号: 1
詳細: determining local structural segments by RDC-based MFR protocol, determining the spatial arrangement of the MFR-derived segments using PRE distance restraints
NMR constraintsProtein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 227 / Protein psi angle constraints total count: 227
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 15
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.041 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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