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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2lbp | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE L-LEUCINE-BINDING PROTEIN REFINED AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION AND COMPARISON WITH THE LEU(SLASH)ILE(SLASH)VAL-BINDING PROTEIN STRUCTURE | ||||||
要素 | LEUCINE-BINDING PROTEIN | ||||||
キーワード | PERIPLASMIC BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 branched-chain amino acid transport / L-leucine binding / phenylalanine transport / L-leucine transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Sack, J.S. / Trakhanov, S.D. / Tsigannik, I.H. / Quiocho, F.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989 タイトル: Structure of the L-leucine-binding protein refined at 2.4 A resolution and comparison with the Leu/Ile/Val-binding protein structure. 著者: Sack, J.S. / Trakhanov, S.D. / Tsigannik, I.H. / Quiocho, F.A. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989 タイトル: Periplasmic Binding Protein Structure and Function. Refined X-Ray Structures of the Leucine(Slash)Isoleucine(Slash)Valine-Binding Protein and its Complex with Leucine 著者: Sack, J.S. / Saper, M.A. / Quiocho, F.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2lbp.cif.gz | 76.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2lbp.ent.gz | 57.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2lbp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2lbp_validation.pdf.gz | 370.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2lbp_full_validation.pdf.gz | 409.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2lbp_validation.xml.gz | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2lbp_validation.cif.gz | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/2lbp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/2lbp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37006.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P04816 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 4.3 / 手法: microdialysis | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 13797 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.1057 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.4→10 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 13797 / Rfactor obs: 0.213 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_mcbond_it / Dev ideal: 0.662 |