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万見
- PDB-2l9m: Structure of cIAP1 CARD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l9m
タイトルStructure of cIAP1 CARD
要素Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
キーワードAPOPTOSIS INHIBITOR / CARD / IAP / caspase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / regulation of cysteine-type endopeptidase activity / FBXO family protein binding / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / regulation of necroptotic process / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway ...negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / regulation of cysteine-type endopeptidase activity / FBXO family protein binding / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / regulation of necroptotic process / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / CD40 receptor complex / XY body / negative regulation of necroptotic process / positive regulation of protein monoubiquitination / regulation of reactive oxygen species metabolic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / non-canonical NF-kappaB signal transduction / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of cell differentiation / regulation of innate immune response / Apoptotic cleavage of cellular proteins / necroptotic process / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / canonical NF-kappaB signal transduction / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / response to cAMP / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of protein ubiquitination / ubiquitin binding / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Regulation of TNFR1 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / placenta development / Regulation of necroptotic cell death / cytoplasmic side of plasma membrane / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / protein-folding chaperone binding / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / transferase activity / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to ethanol / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / regulation of cell cycle / response to hypoxia / Ub-specific processing proteases / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BIRC2/BIRC3, UBA domain / Caspase recruitment domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain ...BIRC2/BIRC3, UBA domain / Caspase recruitment domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Day, C.L. / Rautureau, G.J.P. / Hinds, M.G.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2011
タイトル: CARD-mediated autoinhibition of cIAP1's E3 ligase activity suppresses cell proliferation and migration.
著者: Lopez, J. / John, S.W. / Tenev, T. / Rautureau, G.J. / Hinds, M.G. / Francalanci, F. / Wilson, R. / Broemer, M. / Santoro, M.M. / Day, C.L. / Meier, P.
履歴
登録2011年2月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1471
ポリマ－15,1471
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 256structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 2 / C-IAP1 / IAP homolog B / Inhibitor of apoptosis protein 2 / IAP-2 / hIAP-2 / hIAP2 / RING finger ...C-IAP1 / IAP homolog B / Inhibitor of apoptosis protein 2 / IAP-2 / hIAP-2 / hIAP2 / RING finger protein 48 / TNFR2-TRAF-signaling complex protein 2


分子量: 15147.399 Da / 分子数: 1 / 断片: cIAP1-CARD (UNP RESIDUES 435-562) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: API1, BIRC2, IAP2, MIHB, RNF48 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13490

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: Caspase recruitment domain of cIAP1
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1222D 1H-15N HSQC
1333D HNCA
1433D HN(CA)CB
153CC(CO)NH
1633D HNCO
1733D (H)CCH-TOCSY
1823D HNHA
1923D HNHB
11023D 1H-15N NOESY
11133D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM cIAP1-CARD-1, 20 mM sodium phosphate-2, 50 mM sodium chloride-3, 5 mM TCEP-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 15N] cIAP1-CARD-5, 20 mM sodium phosphate-6, 50 mM sodium chloride-7, 5 mM TCEP-8, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] cIAP1-CARD-9, 20 mM sodium phosphate-10, 50 mM sodium chloride-11, 5 mM TCEP-12, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMcIAP1-CARD-11
20 mMsodium phosphate-21
50 mMsodium chloride-31
5 mMTCEP-41
1 mMcIAP1-CARD-5[U-100% 15N]2
20 mMsodium phosphate-62
50 mMsodium chloride-72
5 mMTCEP-82
0.4 mMcIAP1-CARD-9[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMsodium phosphate-103
50 mMsodium chloride-113
5 mMTCEP-123
試料状態イオン強度: 0.14 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 303.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE5003
Bruker DRXBrukerDRX6004

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.データ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2783 / NOE intraresidue total count: 799 / NOE long range total count: 591 / NOE medium range total count: 744 / NOE sequential total count: 649
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 256 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.015 Å / Distance rms dev error: 0.002 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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