PDB-3fgx: Structure of uncharacterised protein rbstp2171 from bacillus stea...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fgx

タイトル

Structure of uncharacterised protein rbstp2171 from bacillus stearothermophilus

要素

RBSTP2171

キーワード

structural genomics / unknown function / BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

rbstp2171 / rbstp2171 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Minasov, G. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Uncharacterised Protein Rbstp2171 from Bacillus Stearothermophilus
著者: Minasov, G. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2008年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fgx.cif.gz	48.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fgx.ent.gz	35 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fgx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/3fgx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/3fgx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2eeg-d 6qlz-1 1j2n-d 6qlz-3 2eeh-d 2e46-d 2z14-d 2dlu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC35815

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RBSTP2171

B: RBSTP2171

26 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RBSTP2171

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RBSTP2171

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.099, 89.099, 31.599
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: A B)
NCSドメイン領域:

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 9 - 112 / Label seq-ID: 9 - 112

Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	RBSTP2171 分子量: 13008.776 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア) プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES sodium salt, 2% PEG 400, 2.0 M Ammonium sulfate , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97869 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月28日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97869 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→89.09 Å / Num. all: 5778 / Num. obs: 5778 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.068 / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 25.96
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / R_sym value: 0.501 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHARP		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
O		モデル構築
REFMAC	5.5.0051	精密化
Blu-Ice	Max	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.9→89.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 50.497 / SU ML: 0.39 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.439 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.279	262	4.6 %	RANDOM
R_work	0.255	-	-	-
obs	0.256	5723	-	-
all	-	5723	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.61 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→89.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1538	0	0	5	1543

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.771	1.974	2097
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.969	3	2697
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.705	5	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.332	24.211	76
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.188	15	293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.774	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1706
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	322
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.375	2	956
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.073	2	382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.667	3	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.511	2	607
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.945	4	555
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1312 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
TIGHT THERMAL	0.02	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.459	19	-
R_work	0.358	400	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.2478	-0.5479	-3.2408	2.5535	-0.4817	4.2413	0.3121	-0.0914	-0.0856	0.1103	-0.2431	0.4574	-0.315	-0.1176	-0.069	0.2043	-0.1141	-0.0007	0.1146	-0.0268	0.0921	-12.8157	-11.9748	-2.2057
2	2.2962	-0.9621	-0.2686	10.3466	-2.9269	3.7164	-0.2727	0.144	0.4127	-0.0968	0.3472	-0.0772	-0.1319	-0.3714	-0.0745	0.1361	-0.1206	-0.038	0.2117	0.015	0.0811	-32.5531	-31.6421	-10.4455

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 112
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	9 - 112

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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