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万見
- PDB-2l9h: Oligomeric Structure of the Chemokine CCL5/RANTES from NMR, MS, a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l9h
タイトルOligomeric Structure of the Chemokine CCL5/RANTES from NMR, MS, and SAXS Data
要素C-C motif chemokine 5
キーワードIMMUNE SYSTEM / Chemokine / Oligomer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chronic inflammatory response / CCR4 chemokine receptor binding / chemokine (C-C motif) ligand 5 signaling pathway / activation of phospholipase D activity / chemokine receptor antagonist activity / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / negative regulation of macrophage apoptotic process / chemokine receptor binding / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity ...regulation of chronic inflammatory response / CCR4 chemokine receptor binding / chemokine (C-C motif) ligand 5 signaling pathway / activation of phospholipase D activity / chemokine receptor antagonist activity / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / negative regulation of macrophage apoptotic process / chemokine receptor binding / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / CCR5 chemokine receptor binding / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of T cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / neutrophil activation / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / negative regulation of T cell apoptotic process / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of T cell apoptotic process / eosinophil chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of innate immune response / cell surface receptor signaling pathway via STAT / chemokine activity / regulation of T cell activation / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / leukocyte cell-cell adhesion / phospholipase activator activity / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of smooth muscle cell migration / Interleukin-10 signaling / positive regulation of macrophage chemotaxis / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / exocytosis / monocyte chemotaxis / positive regulation of translational initiation / cellular response to interleukin-1 / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of T cell migration / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of cell adhesion / regulation of insulin secretion / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / response to virus / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / response to toxic substance / intracellular calcium ion homeostasis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / calcium ion transport / cellular response to tumor necrosis factor / cell-cell signaling / G alpha (i) signalling events / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / 溶液散乱 / molecular dynamics, SAXS-potential guided scoring within grid search
Model detailsbest agreement with data, model 1
データ登録者Wang, X. / Watson, C.M. / Sharp, J.S. / Handel, T.M. / Prestegard, J.H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Oligomeric Structure of the Chemokine CCL5/RANTES from NMR, MS, and SAXS Data.
著者: Wang, X. / Watson, C. / Sharp, J.S. / Handel, T.M. / Prestegard, J.H.
履歴
登録2011年2月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月24日Group: Database references
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C motif chemokine 5
B: C-C motif chemokine 5
C: C-C motif chemokine 5
D: C-C motif chemokine 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4484
ポリマ－31,4484
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1target function based on SAXS & knowledge-based potential
代表モデルモデル #1best agreement with data

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要素

#1: タンパク質
C-C motif chemokine 5 / EoCP / Eosinophil chemotactic cytokine / SIS-delta / Small-inducible cytokine A5 / T cell-specific ...EoCP / Eosinophil chemotactic cytokine / SIS-delta / Small-inducible cytokine A5 / T cell-specific protein P228 / TCP228 / T-cell-specific protein RANTES


分子量: 7862.011 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL5, D17S136E, SCYA5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P13501
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験
手法詳細
溶液NMRTetrameric model of the inflammatory chemokine CCL5/RANTES
溶液散乱
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N J-mod TROSY
1222D 1H-15N TROSY
1322D 1H-15N HSQC
1422D 1H-15N J-mod TROSY
1512D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] ccl5, 50 mM sodium acetate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 15N] ccl5, 50 mM sodium acetate, 5 % polyacrylamide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMccl5-1[U-100% 15N]1
50 mMsodium acetate-21
1 mMccl5-3[U-100% 15N]2
50 mMsodium acetate-42
5 %polyacrylamide-52
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 4.4 / 圧: ambient / 温度: 297 K

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データ収集

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA9002
Soln scatterタイプ: x-ray / Buffer name: ACETATE / Conc. range: 7 - 10 / Data analysis software list: GNOM, OLIGOMER / Data reduction software list: SAXS for Windows XP / Detector specific: Bruker / 検出器タイプ: AXS Vantec 2000 / Mean guiner radius: 31 nm / Mean guiner radius esd: 0.01 nm / Num. of time frames: 10 / Protein length: 121 / Sample pH: 4.5 / Source beamline instrument: Bruker NanostarU / Source class: N / Source type: Bruker NanostarU TXS / 温度: 288 K

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解析

NMR software
名称開発者分類
NAMDPhillips, Braun, Wang, Gumbart, Tajkhorshid, Villa, Chipot, Skeel, Kale, and Schulte精密化
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
VnmrJVariancollection
VMDHumphrey, Dalke & Schulten.精密化
精密化手法: molecular dynamics, SAXS-potential guided scoring within grid search
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: best agreement with data
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function based on SAXS & knowledge-based potential
計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1
Soln scatter model手法: CONSTRAINED SCATTERING FITTING INCORPORATING NMR RDC DATA.
コンフォーマー選択の基準: THE MODELS WERE GENERATED USING GRID SEARCH, CONTRAINING THE ORIENTATION BETWEEN THE DIMERS ACCORDING TO NMR RDC DATA. MODELS WERE THEN SCORED BASED ON AGREEMENT ...コンフォーマー選択の基準: THE MODELS WERE GENERATED USING GRID SEARCH, CONTRAINING THE ORIENTATION BETWEEN THE DIMERS ACCORDING TO NMR RDC DATA. MODELS WERE THEN SCORED BASED ON AGREEMENT BETWEEN THEORETICAL AND EXPERIMENTAL SCATTERING CURVE AND SOUNDNESS OF THE INTERFACE AS DEFINED BY A RESIDUE PAIRING SCORE.
詳細: PDB CODE 1U4L / Num. of conformers calculated: 5953 / Num. of conformers submitted: 1 / 代表コンフォーマー: 1 / Software author list: UIUC, EMBL / Software list: VMD, GNOM, OLIGOMER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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