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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2l8c | ||||||||||||||||||||||
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タイトル | NMR Spectroscopy and Molecular Dynamics Simulation of r(CCGCUGCGG)2 Reveal a Dynamic UU Internal Loop Found in Myotonic Dystrophy Type 1 - UU pair with zero hydrogen bond pairs | ||||||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() RNA / UU mismatch | 機能・相同性 | RNA | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | Model details | fewest violations, model 1 | ![]() Parkesh, R. / Fountain, M.A. / Disney, M.D. | ![]() ![]() タイトル: NMR Spectroscopy and Molecular Dynamics Simulation of r(CCGCUGCGG)(2) Reveal a Dynamic UU Internal Loop Found in Myotonic Dystrophy Type 1. 著者: Parkesh, R. / Fountain, M. / Disney, M.D. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 20.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 12.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 396.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 421.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 2862.759 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 1.5 mM RNA (5'-R(*CP*CP*GP*CP*UP*GP*CP*GP*G)-3'), 100% D2O 溶媒系: 100% D2O |
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試料 | 濃度: 1.5 mM / 構成要素: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*CP*UP*GP*CP*GP*G)-3')-1 |
試料状態 | イオン強度: 0.1 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 313 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry 計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |