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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hhw | ||||||
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タイトル | Solution structure of LNA1:RNA hybrid | ||||||
要素 |
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キーワード | ANTISENSE / LOCKED NUCLEIC ACID / DNA / RNA / HYBRID / RNASE H | ||||||
機能・相同性 | DNA/RNA hybrid / RNA 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Petersen, M. / Bondensgaard, K. / Wengel, J. / Jacobsen, J.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2002 タイトル: Locked Nucleic Acid (Lna) Recognition of RNA: NMR Solution Structures of Lna:RNA Hybrids 著者: Petersen, M. / Bondensgaard, K. / Wengel, J. / Jacobsen, J.P. #1: ジャーナル: Chemistry / 年: 2000 タイトル: Origin of Locked Nucleic Acid High-Affinity Recognition of RNA as Revealed by High-Resolution NMR Structures 著者: Petersen, M. / Bondensgaard, K. / Wengel, J. / Jacobsen, J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hhw.cif.gz | 454.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hhw.ent.gz | 374.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hhw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1hhw_validation.pdf.gz | 340.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1hhw_full_validation.pdf.gz | 673.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1hhw_validation.xml.gz | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1hhw_validation.cif.gz | 30 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/1hhw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/1hhw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 2758.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 2855.767 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
配列の詳細 | CHAIN A RESIDUE 5 IS A LOCKED NUCLEIC ACID OR (1R,3R,4R,7S) -7-HYDROXY-1-HYDROXYMETHYL-3-(THYMIN-1- ...CHAIN A RESIDUE 5 IS A LOCKED NUCLEIC ACID OR (1R,3R,4R,7S) -7-HYDROXY-1-HYDROXYMET |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: NOESY |
-試料調製
試料状態 | イオン強度: 0.1 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 750 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: A TOTAL OF 284 NOE DISTANCE RESTRAINTS WERE OBTAINED FROM A FULL RELAXATION MATRIX ANALYSIS WITH THE PROGRAM RANDMARDI. 16 J-COUPLING CONSTANT RESTRAINTS WERE DERIVED FROM A J-SCALED-1H-31P- ...詳細: A TOTAL OF 284 NOE DISTANCE RESTRAINTS WERE OBTAINED FROM A FULL RELAXATION MATRIX ANALYSIS WITH THE PROGRAM RANDMARDI. 16 J-COUPLING CONSTANT RESTRAINTS WERE DERIVED FROM A J-SCALED-1H-31P-HMBC SPECTRUM. 22 WATSON-CRICK BASE PAIRING RESTRAINTS. | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 40 |