PDB-2l5l: Solution Structure of Thioredoxin from Bacteroides Vulgatus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2l5l

タイトル

Solution Structure of Thioredoxin from Bacteroides Vulgatus

要素

Thioredoxin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / ELECTRON TRANSPORT / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / PSI-Biology

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides vulgatus (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulating annealing

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Harris, R. / Foti, R. / Seidel, R.D. / Bonanno, J.B. / Freeman, J. / Bain, K.T. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Girvin, M.E. / Almo, S.C. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of Thioredoxin from Bacteroides Vulgatus
著者: Harris, R. / Foti, R. / Seidel, R.D. / Bonanno, J.B. / Freeman, J. / Bain, K.T. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Girvin, M.E. / Almo, S.C.

履歴

登録	2010年11月2日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年5月8日	Group: Structure summary
改定 1.3	2018年11月14日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2021年2月10日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2l5l.cif.gz	843.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2l5l.ent.gz	712.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2l5l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/2l5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/2l5l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5m7v-4 5zhf-1 5ewk-d 5m7z-4 5j5y-3 1ijx-1 5m7w-4 1uf0-d 6ff8-1 3cqn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11218b BMRB: 17275 TargetTrack: NYSGRC-011324

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (4) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (4)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (4)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioredoxin

15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	20 structures for lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Thioredoxin 分子量: 15426.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus (バクテリア) 株: ATCC 8482 / DSM 1447 / NCTC 11154 / 遺伝子: BVU_1309 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6KZY4

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	15N HSQC
1	2	1	15N NOESY-HSQC
1	3	2	13C HSQC
1	4	2	aromatic 13C HSQC
1	5	2	13C NOESY-HSQC
1	6	2	13C aromatic NOESY-HSQC
1	7	1	HNCO
1	8	1	HN(CA)CO
1	9	1	HNCA
1	10	1	HN(CO)CA
1	11	1	HN(CA)CB
1	12	1	CBCA(CO)NH

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] thioredoxin, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] thioredoxin, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 100% D2O	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	thioredoxin-1	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
20 mM	sodium phosphate-2		1
50 mM	sodium chloride-3		1
1 mM	DTT-4		1
1 mM	thioredoxin-5	[U-100% 13C; U-100% 15N]	2
20 mM	sodium phosphate-6		2
50 mM	sodium chloride-7		2
1 mM	DTT-8		2

試料状態

イオン強度: 50 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian Inova	Varian	INOVA	600	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	Brunger A. T. et.al.	精密化
CCPN_Analysis	CCPN	データ解析

精密化

手法: simulating annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Refinement in a box of water

NMR constraints

NOE constraints total: 2480 / NOE intraresidue total count: 571 / NOE long range total count: 731 / NOE medium range total count: 548 / NOE sequential total count: 551 / Hydrogen bond constraints total count: 74 / Protein phi angle constraints total count: 95 / Protein psi angle constraints total count: 94

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: 20 structures for lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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