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万見
- PDB-2l4i: The Solution Structure of Magnesium bound CIB1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l4i
タイトルThe Solution Structure of Magnesium bound CIB1
要素Calcium and integrin-binding protein 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / calcium and integrin binding protein 1 / magnesium / integrin
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein kinase inhibitor activity / thrombopoietin-mediated signaling pathway / endomitotic cell cycle / positive regulation of male germ cell proliferation / filopodium tip / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of microtubule depolymerization / positive regulation of catalytic activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin ...calcium-dependent protein kinase inhibitor activity / thrombopoietin-mediated signaling pathway / endomitotic cell cycle / positive regulation of male germ cell proliferation / filopodium tip / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of microtubule depolymerization / positive regulation of catalytic activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / platelet formation / positive regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / regulation of cell division / spermatid development / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of protein targeting to membrane / negative regulation of megakaryocyte differentiation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cytoplasmic microtubule organization / protein-membrane adaptor activity / extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein phosphorylation / cellular response to nerve growth factor stimulus / cell periphery / response to ischemia / positive regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / cellular response to growth factor stimulus / sarcolemma / ruffle membrane / small GTPase binding / double-strand break repair / negative regulation of neuron projection development / lamellipodium / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of cell population proliferation / growth cone / positive regulation of cell growth / angiogenesis / perikaryon / vesicle / transmembrane transporter binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / positive regulation of cell migration / neuron projection / positive regulation of protein phosphorylation / apical plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / cell division / axon / centrosome / neuronal cell body / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium and integrin-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Huang, H. / Vogel, H.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Solution Structures of Ca2+-CIB1 and Mg2+-CIB1 and Their Interactions with the Platelet Integrin {alpha}IIb Cytoplasmic Domain.
著者: Huang, H. / Ishida, H. / Yamniuk, A.P. / Vogel, H.J.
履歴
登録2010年10月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium and integrin-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5322
ポリマ－24,5071
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Calcium and integrin-binding protein 1 / CIB / Calcium- and integrin-binding protein / CIBP / Calmyrin / DNA-PKcs-interacting protein / ...CIB / Calcium- and integrin-binding protein / CIBP / Calmyrin / DNA-PKcs-interacting protein / Kinase-interacting protein / KIP / SNK-interacting protein 2-28 / SIP2-28


分子量: 24507.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CIB1, CIB, KIP, PRKDCIP / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q99828
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D IPAP-HSQC
1213D HNCO type IPAP
1323D 1H-15N NOESY
1423D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] CIB1, 5 mM MAGNESIUM ION, 100 mM potassium chloride, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM I/L/V methyl labeled [U, 2H] CIB1, 5 mM MAGNESIUM ION, 100 mM potassium chloride, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMCIB1[U-13C; U-15N; U-2H]1
5 mMMAGNESIUM ION1
100 mMpotassium chloride1
10 mMDTT1
0.5 mMCIB1I/L/V methyl labeled [U, 2H]2
5 mMMAGNESIUM ION2
100 mMpotassium chloride2
10 mMDTT2
試料状態イオン強度: 200 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.18Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.18Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Because the backbone resonances of residues 158-191 are largely missing, only residues 8-157 of Mg2+-CIB1 are presented in this entry. Simulated annealing was done in two steps, 1st step, ...詳細: Because the backbone resonances of residues 158-191 are largely missing, only residues 8-157 of Mg2+-CIB1 are presented in this entry. Simulated annealing was done in two steps, 1st step, 200k-20k; 2nd step, 20K-2K, refer to J Biomol NMR. 2000 Nov;18(3):217-27. (Chou and Bax)
NMR constraintsNOE constraints total: 1007 / NOE intraresidue total count: 63 / NOE long range total count: 97 / NOE medium range total count: 109 / NOE sequential total count: 164 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 147 / Protein psi angle constraints total count: 146
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 1.6 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum lower distance constraint violation: 1.8 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 30 ° / Maximum upper distance constraint violation: 8 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.077 Å / Distance rms dev error: 0.005 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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