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万見
- PDB-2l21: chicken IGF2R domain 11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l21
タイトルchicken IGF2R domain 11
要素Cation-independent mannose-6-phosphate receptor
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Genomic imprinting / Insulin-like growth factor 2 / mannose 6 phosphate receptor / protein evolution
機能・相同性
機能・相同性情報


insulin-like growth factor binding / lysosomal transport / D-mannose binding / membrane => GO:0016020 / signaling receptor activity / endosome membrane / Golgi membrane
類似検索 - 分子機能
Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-dependent Mannose-6-phosphate Receptor; Chain A / Mannose-6-phosphate receptor binding domain / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain / MRH domain profile. / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily ...Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-dependent Mannose-6-phosphate Receptor; Chain A / Mannose-6-phosphate receptor binding domain / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain / MRH domain profile. / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Kringle-like fold / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibronectin type-II domain-containing protein / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法溶液NMR / simulated annealing, simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Williams, C. / Hoppe, H. / Strickland, M. / Frago, S. / Ellis, R.Z. / Wattana-Amorn, P. / Prince, S.N. / Zaccheo, O.J. / Forbes, B. / Jones, E.Y. ...Williams, C. / Hoppe, H. / Strickland, M. / Frago, S. / Ellis, R.Z. / Wattana-Amorn, P. / Prince, S.N. / Zaccheo, O.J. / Forbes, B. / Jones, E.Y. / Rezgui, D.Z. / Crump, M.P. / Hassan, A.B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: CD loop dependency of the IGF2: M6P/IGF2 receptor binding interaction predates imprinting
著者: Williams, C. / Hoppe, H. / Rezgui, D. / Strickland, M. / Frago, S. / Ellis, R.Z. / Wattana-Amorn, P. / Prince, S.N. / Zaccheo, O.J. / Jones, E.Y. / Forbes, B. / Crump, M.P. / Hassan, A.B.
履歴
登録2010年8月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cation-independent mannose-6-phosphate receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2371
ポリマ－17,2371
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cation-independent mannose-6-phosphate receptor


分子量: 17237.201 Da / 分子数: 1 / 断片: domain 11, residues 1485-1630 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: igf2r / プラスミド: pET26a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q90681, UniProt: F1NVD2*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Domain 11 of Gallus gallus Cation-independent mannose-6-phosphate receptor
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1323D HNCO
1423D HNCA
1523D HN(CA)CB
1623D C(CO)NH
1723D CBCA(CO)NH
1823D HN(CO)CA
1923D H(CCO)NH
11023D (H)CCH-TOCSY
11123D 1H-15N NOESY
11223D 1H-13C NOESY
11312D 1H-15N HSQC
NMR実験の詳細Text: Some backbone datasets acquired using ASCOM with a reduced number of points in the nitrogen dimension

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
15% D2O, 20 mM sodium acetate, 0.1 mM EDTA, 100 uM sodium azide, 0.5-1 mM [U-98% 15N] IGF2R, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
25% D2O, 20 mM sodium phosphate, 0.1 mM EDTA, 100 uM sodium azide, 0.5-1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] IGF2R, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
5 %D2O-11
20 mMsodium acetate-21
0.1 mMEDTA-31
100 uMsodium azide-41
mMprotein-5[U-98% 15N]0.5-11
5 %D2O-62
20 mMsodium phosphate-72
0.1 mMEDTA-82
100 uMsodium azide-92
mMprotein-10[U-98% 13C; U-98% 15N]0.5-12
試料状態イオン強度: 0 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian VNMRSVarianVNMRS6001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
iCingr765Vuister, Doreleijers, Sousa da Silva精密化
CcpNmr Analysis2.13Vranken, Boucher, Stevens, Fogh, Pajon, Llinas, Ulrich, Markley, Ionides, Lauechemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.13Vranken, Boucher, Stevens, Fogh, Pajon, Llinas, Ulrich, Markley, Ionides, Laueデータ解析
精密化手法: simulated annealing, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: ARIA1.2 protocol. Cool_1 and cool_2 steps increased to 40K and cool_2, ARIA1.2 water refinement modified with RECOORD water refinement paramaters
NMR constraintsNOE constraints total: 3375 / NOE intraresidue total count: 1079 / NOE long range total count: 1111 / Hydrogen bond constraints total count: 32
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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