[日本語] English
万見
- PDB-4wcg: The binding mode of Cyprinid Herpesvirus3 ORF112-Zalpha to Z-DNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wcg
タイトルThe binding mode of Cyprinid Herpesvirus3 ORF112-Zalpha to Z-DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
  • ORF112
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Zalpha / Z-DNA (Z-DNA) / innate immunity (自然免疫系) / Herpes virus
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded RNA adenosine deaminase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Z-binding domain profile. / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cyprinid herpesvirus 3 (ヘルペスウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kus, K. / Athanasiadis, A.
資金援助 ポルトガル, 2件
組織認可番号国
Foundation for Science and Technology (FCT)SFRH/BD/51626/2011 ポルトガル
Foundation for Science and Technology (FCT)PTDC/BIA-PRO/112962/2009 ポルトガル
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: The Structure of the Cyprinid herpesvirus 3 ORF112-Z alpha Z-DNA Complex Reveals a Mechanism of Nucleic Acids Recognition Conserved with E3L, a Poxvirus Inhibitor of Interferon Response.
著者: Kus, K. / Rakus, K. / Boutier, M. / Tsigkri, T. / Gabriel, L. / Vanderplasschen, A. / Athanasiadis, A.
履歴
登録2014年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ORF112
B: ORF112
C: DNA (5'-D(P*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5848
ポリマ－33,2004
非ポリマー3844
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area8350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.821, 44.821, 140.082
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 ORF112


分子量: 10775.282 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyprinid herpesvirus 3 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: KHVJ122 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4FTK7
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 5824.724 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.52 % / 解説: hexagonal
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 0.9 M Lithium sulfate , 0.1 M HEPES pH 7.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→46.694 Å / Num. all: 27020 / Num. obs: 27020 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 22.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.04 / Rsym value: 0.037 / Net I/av σ(I): 9.824 / Net I/σ(I): 22.3 / Num. measured all: 191744
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.587.30.6712.92812938690.260.6712.999.8
1.58-1.686.90.3742.12515936360.1490.374599.9
1.68-1.797.40.2013.82589634960.0780.201999.9
1.79-1.947.10.1216.22283232250.0480.12113.499.9
1.94-2.127.30.07210.12167529850.0280.07220.999.8
2.12-2.377.30.04814.72007527380.0190.04830.999.8
2.37-2.7470.03618.51682823890.0140.03639.399.6
2.74-3.357.10.0320.11454120620.0120.0350.799.2
3.35-4.746.60.02524.21078616420.010.02559.499
4.74-46.69460.02620.558239780.0110.02655.898.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.85 Å46.69 Å
Translation2.85 Å46.69 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER2.5.5位相決定
XSCALEデータスケーリング
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HOB

4hob


解像度: 1.5→46.694 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2067 1306 4.84 %Random Selection
Rwork0.1776 25654 --
obs0.179 26960 99.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.77 Å2 / Biso mean: 29.5903 Å2 / Biso min: 14.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→46.694 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数978 246 20 120 1364
Biso mean--62.85 36.37 -
残基数----134
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091338
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.051856
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055195
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.224516
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.56010.29991400.23652783X-RAY DIFFRACTION100
1.5601-1.63110.30491520.21872786X-RAY DIFFRACTION100
1.6311-1.71710.2111610.18032812X-RAY DIFFRACTION100
1.7171-1.82470.2281480.17112789X-RAY DIFFRACTION100
1.8247-1.96560.19891590.17452811X-RAY DIFFRACTION100
1.9656-2.16340.23751270.17922881X-RAY DIFFRACTION100
2.1634-2.47640.22261530.17472842X-RAY DIFFRACTION100
2.4764-3.11990.235900.1922942X-RAY DIFFRACTION99
3.1199-46.71660.18021760.16663008X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.46384.1631-1.45056.9809-1.97535.6105-0.12080.36920.3036-0.23850.15280.22120.0714-0.2639-0.10420.21580.0573-0.01340.18780.01360.1512-24.489814.8638-18.9223
23.8464-2.2546-0.4715.38740.21137.18020.0282-0.08950.20050.20920.01710.1979-0.3202-0.1596-0.02660.17650.02650.00180.14730.00870.1385-21.998814.7418-11.896
35.55133.56730.45747.89750.13927.23220.08910.324-0.33460.0204-0.0337-0.67340.11420.8176-0.06610.19380.0412-0.00450.2579-0.00780.2008-13.767610.3016-18.1874
41.5647-0.41472.41425.48882.21666.1650.04010.0175-0.0576-0.14320.0551-0.01630.09910.2582-0.08780.25510.01130.00920.1611-0.01140.1479-14.038313.2387-3.6222
54.58210.8644-1.95623.08490.08350.905-0.0631-1.35280.12930.40770.38621.223-1.26940.0924-0.23420.48180.0430.09890.2917-0.06140.4008-25.04567.12260.3383
66.69461.5542-1.12078.09083.82448.59470.0559-0.531-0.2630.0321-0.2162-0.77550.35440.77740.12520.25380.08740.00520.26410.0590.2695-5.6987-6.842-11.6158
75.8645-1.13993.85633.3384-1.07212.8210.0275-0.001-0.4060.0833-0.0684-0.11140.97270.22850.00460.39060.06310.04310.2125-0.00140.3277-13.3523-13.4562-9.1721
85.0652-1.3196-0.86115.5502-1.12559.3083-0.0724-0.24760.16050.08530.0271-0.3196-0.02670.3970.00510.18840.0334-0.00460.144-0.02320.1859-12.828-1.6401-10.2857
93.9080.34420.50845.67670.05526.11270.07260.04370.3217-0.1409-0.01330.27780.1444-0.54540.01420.23010.0259-0.00650.2098-0.02750.1814-20.3703-5.9813-16.8257
105.6845-1.3502-3.35195.7669-1.70515.42830.09520.05340.26830.0296-0.067-0.0589-0.0225-0.0814-0.0340.18860.00710.01230.13520.01360.1249-23.1437-3.2643-3.4086
115.5358-5.2024.59386.506-4.4824.4269-0.1923-1.11940.47930.50290.2624-1.05260.994-0.5038-0.10530.45690.0207-0.09490.2318-0.03110.3231-13.93854.16072.694
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 217 through 237 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 238 through 262 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 263 through 277 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 5 through 9 )C0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 10 through 10 )C0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 217 through 232 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 233 through 248 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 249 through 266 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 267 through 277 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 5 through 9 )D0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 10 through 10 )D0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る