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- PDB-2l1j: 1H assignments for ASIP(93-126, P103A, P105A, P111A, Q115Y, S124Y) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l1j
タイトル1H assignments for ASIP(93-126, P103A, P105A, P111A, Q115Y, S124Y)
要素Agouti-signaling protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / agouti signaling protein / agouti related protein / melanocortin receptor 1 / melanocortin receptor 4 / MC1R / MC4R / AgRP / ASIP / proline-switching
機能・相同性
機能・相同性情報


melanocortin receptor binding / type 3 melanocortin receptor binding / type 4 melanocortin receptor binding / adult feeding behavior / melanosome transport / positive regulation of melanin biosynthetic process / melanin biosynthetic process / melanosome organization / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / neuropeptide hormone activity ...melanocortin receptor binding / type 3 melanocortin receptor binding / type 4 melanocortin receptor binding / adult feeding behavior / melanosome transport / positive regulation of melanin biosynthetic process / melanin biosynthetic process / melanosome organization / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / neuropeptide hormone activity / hormone-mediated signaling pathway / generation of precursor metabolites and energy / cell-cell signaling / signaling receptor binding / signal transduction / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Agouti / Agouti domain / Agouti domain superfamily / Agouti protein / Agouti domain profile. / Agouti domain signature. / Agouti protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Agouti-signaling protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsclosest to the average, model 10
データ登録者Patel, M.P. / Cribb Fabersunne, C.S. / Yang, Y. / Kaelin, C.B. / Barsh, G.S. / Millhauser, G.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Loop-swapped chimeras of the agouti-related protein and the agouti signaling protein identify contacts required for melanocortin 1 receptor selectivity and antagonism.
著者: Patel, M.P. / Cribb Fabersunne, C.S. / Yang, Y.K. / Kaelin, C.B. / Barsh, G.S. / Millhauser, G.L.
履歴
登録2010年7月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agouti-signaling protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6751
ポリマ－3,6751
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #10closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Agouti-signaling protein / ASP / Agouti switch protein


分子量: 3675.318 Da / 分子数: 1 / 断片: mini ASIP YY, UNP residues 93-126 / 変異: P103A, P105A, P111A, Q115Y, S124Y / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42127

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D DQF-COSY
1312D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細内容: 1-2 mM ASIP(93-126, P103A, P105A, P111A, Q115Y, S124Y)-1, 10 % D2O-2, 50 mM [U-100% 2H] acetic acid-3, .1 w/v sodium azide-4, 200 uM TSP-5, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMASIP(93-126, P103A, P105A, P111A, Q115Y, S124Y)-11-21
10 %D2O-21
50 mMacetic acid-3[U-100% 2H]1
.1 w/vsodium azide-41
200 uMTSP-51
試料状態pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 25 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SPARKYGoddardchemical shift assignment
SPARKYGoddardpeak picking
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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