PDB-5z5q: Nukacin ISK-1 in active state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z5q

タイトル

Nukacin ISK-1 in active state

要素

Lantibiotic nukacin

キーワード

ANTIBIOTIC / lantibiotics

機能・相同性

Lantibiotic, type A, Lactobacillales-type / Type-A lantibiotic / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / signaling receptor binding / extracellular region / Lantibiotic nukacin

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus warneri (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Kohda, D. / Fujinami, D.

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2018
タイトル: The lantibiotic nukacin ISK-1 exists in an equilibrium between active and inactive lipid-II binding states.
著者: Fujinami, D. / Mahin, A.A. / Elsayed, K.M. / Islam, M.R. / Nagao, J.I. / Roy, U. / Momin, S. / Zendo, T. / Kohda, D. / Sonomoto, K.

履歴

登録	2018年1月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.0	2024年7月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z5q.cif.gz	188 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z5q.ent.gz	154.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z5q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/5z5q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/5z5q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5z5rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2l1j-d 4fs5-d 4xqz-3 2mla-d 2idh-3 239d-d 6mzt-d 5zv6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36157Nukacin ISK-1 in active state

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lantibiotic nukacin

2.97 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	target function

#1: タンパク質・ペプチド	Lantibiotic nukacin / Bacteriocin ISK-1 分子量: 2970.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Staphylococcus warneri (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9KWM4
配列の詳細	THR39, SER41, AND SER48 ARE DEHYDRATED TO DBB39, DAL41 AND DAL48 BY POSTTRANSLATIONAL MODIFICATIONS.

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

タイプ: micelle
内容: 13 mM nukacin ISK-1, 34 mM [U-2H] dodecylphosphocholine, 10 mM glycine, 90% H2O/10% D2O
Label: natural abundance / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
13 mM	nukacin ISK-1	natural abundance	1
34 mM	dodecylphosphocholine	[U-2H]	1
10 mM	glycine	natural abundance	1

試料状態

イオン強度: 0 mM / Label: conditions_1 / pH: 3.5 / 圧: ambient Pa / 温度: 328 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software	名称: CYANA / 開発者: Guntert P. / 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造	選択基準: target function
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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