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万見
- PDB-2l0z: Solution structure of a zinc-binding domain from the Junin virus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l0z
タイトルSolution structure of a zinc-binding domain from the Junin virus envelope glycoprotein
要素glycoprotein G2
キーワードVIRAL PROTEIN / zinc-binding domain / virus envelope glycoprotein / GPC / Junin virus / arenavirus
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Junin virus (ウイルス)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Briknarova, K. / York, J. / Nunberg, J.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure of a Zinc-binding Domain in the Junin Virus Envelope Glycoprotein.
著者: Briknarova, K. / Thomas, C.J. / York, J. / Nunberg, J.H.
履歴
登録2010年7月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glycoprotein G2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8703
ポリマ－4,7401
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 56structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド glycoprotein G2 / GLYCOPROTEIN GPC / G2 SUBUNIT


分子量: 4739.589 Da / 分子数: 1 / 断片: zinc-binding domain, UNP residues 445-485 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide, N-acetylated / 由来: (合成) Junin virus (ウイルス) / 参照: UniProt: P26313
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DQF-COSY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
1412D 1H-15N HSQC
1522D E-COSY
1622D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7 mM JUNV ZBD peptide, 50 mM [U-98% 2H] Tris-2, 2.5 mM [U-94.5% 2H] TCEP-3, 5 mM zinc sulfate-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.7 mM JUNV ZBD peptide, 50 mM [U-98% 2H] Tris-6, 2.5 mM [U-94.5% 2H] TCEP-7, 4 mM zinc sulfate-8, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMentity_1-11
50 mMTris-2[U-98% 2H]1
2.5 mMTCEP-3[U-94.5% 2H]1
5 mMzinc sulfate-41
0.7 mMentity_1-52
50 mMTris-6[U-98% 2H]2
2.5 mMTCEP-7[U-94.5% 2H]2
4 mMzinc sulfate-82
試料状態イオン強度: 0 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian NMR System / 製造業者: Varian / モデル: NMR System / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
Felix2004Felix NMR Inc.chemical shift assignment
Felix2004Felix NMR Inc.peak picking
Felix2004Felix NMR Inc.データ解析
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: refinement in explicit solvent (H2O) in Aria
NMR constraintsNOE constraints total: 1377 / Hydrogen bond constraints total count: 8 / Protein chi angle constraints total count: 4 / Protein phi angle constraints total count: 0 / Protein psi angle constraints total count: 0
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 56 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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