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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2l0o | ||||||
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タイトル | DsbB3 peptide structure in 100% TFE | ||||||
要素 | Oxidoreductase that catalyzes reoxidation of DsbA protein disulfide isomerase I | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / DsbB / organic solvent / folding | ||||||
機能・相同性 | : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli BW2952 (大腸菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model 1 | ||||||
データ登録者 | Hwang, S. / Hilty, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2011 タイトル: Folding determinants of disulfide bond forming protein B explored by solution nuclear magnetic resonance spectroscopy. 著者: Hwang, S. / Hilty, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2l0o.cif.gz | 242.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2l0o.ent.gz | 206.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2l0o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/2l0o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/2l0o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3696.453 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 70-95 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 由来: (合成) Escherichia coli BW2952 (大腸菌) / 参照: UniProt: C4ZTM6 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1 mM [U-100% 2H] TFE, 1mM DsbB protein fragment, trifluoroethanol/water 溶媒系: trifluoroethanol/water | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |