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万見
- PDB-2kzn: Solution NMR Structure of Peptide methionine sulfoxide reductase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kzn
タイトルSolution NMR Structure of Peptide methionine sulfoxide reductase msrB from Bacillus subtilis, Northeast Structural Genomics Consortium Target SR10
要素Peptide methionine sulfoxide reductase msrB
キーワードOXIDOREDUCTASE / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG) / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide-methionine (R)-S-oxide reductase / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity / protein repair / response to oxidative stress / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB / Peptide methionine sulphoxide reductase MrsB domain / SelR domain / Methionine-R-sulfoxide reductase (MsrB) domain profile. / Peptide methionine sulfoxide reductase. / Mss4-like superfamily / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Ertekin, A. / Maglaqui, M. / Janjua, H. / Cooper, B. / Ciccosanti, C. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Prestegard, J. ...Ertekin, A. / Maglaqui, M. / Janjua, H. / Cooper, B. / Ciccosanti, C. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Prestegard, J. / Lee, H. / Aramini, J.M. / Rossi, P. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Determination of solution structures of proteins up to 40 kDa using CS-Rosetta with sparse NMR data from deuterated samples.
著者: Lange, O.F. / Rossi, P. / Sgourakis, N.G. / Song, Y. / Lee, H.W. / Aramini, J.M. / Ertekin, A. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Baker, D.
履歴
登録2010年6月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2010年8月11日ID: 1XM0
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年1月18日Group: Database references
改定 1.32012年6月27日Group: Database references
改定 1.42012年7月18日Group: Database references
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide methionine sulfoxide reductase msrB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6981
ポリマ－17,6981
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Peptide methionine sulfoxide reductase msrB / Peptide-methionine (R)-S-oxide reductase


分子量: 17697.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU21680, msrB, yppQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMgK
参照: UniProt: P54155, peptide-methionine (R)-S-oxide reductase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D TRHNCACB 2H dec
1613D HN(CA)CO
1712D 1H-15N HSQC - T1
1812D 1H-15N HSQC - T2
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-13C NOESY
11113D (N15)HSQC-NOESY-(N15)HSQC
11213D (C13)HSQC-NOESY-(C13)HSQC
11313D (N15)HSQC-NOESY-(C13)HSQC
11413D (C13)HSQC-NOESY-(N15)HSQC
11522D 1H-13C HSQC
11632D 1H-15N TROSY
NMR実験の詳細Text: MONOMER BY GEL FILTRATION CHROMATOGRAPHY/LIGHT SCATTERING AND BY NMR.T1/T2(CPMG) (MS/MS) = 921/57 AT 800MHz, TAUC = 9.3(NS). CONSISTENT WITH MOLECULAR WEIGHT.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-100% 2H] SR10, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 5 mM calcium chloride, 100 mM sodium chloride, 1 x protease inhibitor, 20 mM MES, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.2 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] SR10, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 5 mM calcium chloride, 100 mM sodium chloride, 1 x protease inhibitor, 20 mM MES, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.2 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] SR10, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 5 mM calcium chloride, 200 mM sodium chloride, 1 x protease inhibitor, 20 mM MES, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMSR10-1[U-100% 13C; U-100% 15N; U-100% 2H]1
10 mMDTT-21
0.02 %sodium azide-31
5 mMcalcium chloride-41
100 mMsodium chloride-51
1 %protease inhibitor-61
20 mMMES-71
50 uMDSS-81
1.2 mMSR10-9[U-5% 13C; U-100% 15N]2
10 mMDTT-102
0.02 %sodium azide-112
5 mMcalcium chloride-122
100 mMsodium chloride-132
1 %protease inhibitor-142
20 mMMES-152
50 uMDSS-162
1.2 mMSR10-17[U-5% 13C; U-100% 15N]3
10 mMDTT-183
0.02 %sodium azide-193
5 mMcalcium chloride-203
200 mMsodium chloride-213
1 %protease inhibitor-223
20 mMMES-233
50 uMDSS-243
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readrefinemen,structure solution,geometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
TALOS+Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
PALESPALES (Zweckstetter, Bax)geometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURE DETERMINED BY SPARSE CONSTRAINTS FROM UNIFORMLY DEUTERATED, METHYL BACK-PROTONATED(ILE,VAL,LEU). NOESY ASSIGNMENTS BY CYANA-3.0 WITH RDC. 20 OF 100 STRUCTURES LOWEST TARGET FUNCTION ...詳細: STRUCTURE DETERMINED BY SPARSE CONSTRAINTS FROM UNIFORMLY DEUTERATED, METHYL BACK-PROTONATED(ILE,VAL,LEU). NOESY ASSIGNMENTS BY CYANA-3.0 WITH RDC. 20 OF 100 STRUCTURES LOWEST TARGET FUNCTION SELECTED WITH CYANA-3.0. SELECTED MODELS ARE FURTHER REFINED USING CNS IN EXPLICIT WATER SHELL AND RDC SAMPLE ALIGNED IN PHAGE (NILGES PROTOCOL WITH PARAM19). ASSIGNMENT STATS (ALL RESIDUES INCLUDED): BACKBONE 72.96%, SIDECHAIN 21.00%, AROMATIC (SC) 00.00%, STEREOSPECIFIC VL METHYL ASSIGNMENT 100%, UNAMBIGUOUS SIDECHAIN NH2 57.14%. STRUCTURE BASED ON 603 NOE, 235 DIHE, 85 RDC. MAX NOE VIOLATION: 1.85 A; MAX DIHE VIOLATION: 20.7 DEG. 50 TOTAL CLOSE CONTACTS PER 20 MODELS. STRUCTURE QUALITY FACTOR (PSVS 1.3): ORDERED RESIDUES RANGES: 4-27, 31-33, 37-59, 64-80, 84-95, 98-133, 134-141 FOR [S(PHI)+S(PSI)] > 1.8. SECONDARY STRUCTURE - ALPHA HELICES: 5-22, 126-132, 134-141; BETA STRANDS: 49-53, 40-44, 121-125, 66-67, 113-116, 100-103, 86-90, 77-81 RMSD(ANG): BACKBONE 2.1, ALL -0.45/-1.46 (RAW/Z), PROCHECK (ALL): -0.38/-2.25 (RAW/Z), MOLPROBITY CLASH: 18.61/-1.67 (RAW/Z). RDC STATISTICS FROM CYANA-3.0. DA = -5.404 HZ, RHOM = 0.48; CORR. COEFF: 0.919 +/- 0.012, Q-FACTOR: 25.162 +/- 1.869%. AFTER CNS WATER REFINEMENT WITH RDC PALES COMPUTED CORR. COEFF: 0.976 AND Q-FACTOR: 14.0%.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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