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- PDB-2kvd: Mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor (MANF) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kvd
タイトルMesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor (MANF)
要素Mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor
キーワードHORMONE / Disulfide bond / Glycoprotein / Growth factor / Secreted / Sialic acid / Unfolded protein response
機能・相同性
機能・相同性情報


vasoconstriction of artery involved in ischemic response to lowering of systemic arterial blood pressure / regulation of response to endoplasmic reticulum stress / sulfatide binding / sarcoplasmic reticulum lumen / dopaminergic neuron differentiation / response to unfolded protein / growth factor activity / neuron projection development / Platelet degranulation / endoplasmic reticulum lumen ...vasoconstriction of artery involved in ischemic response to lowering of systemic arterial blood pressure / regulation of response to endoplasmic reticulum stress / sulfatide binding / sarcoplasmic reticulum lumen / dopaminergic neuron differentiation / response to unfolded protein / growth factor activity / neuron projection development / Platelet degranulation / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / RNA binding / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
ARMET, C-terminal / ARMET, N-terminal / ARMET-like / ARMET, C-terminal / ARMET, N-terminal / SAP domain / Saposin-like / NK-Lysin / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / SAP domain superfamily ...ARMET, C-terminal / ARMET, N-terminal / ARMET-like / ARMET, C-terminal / ARMET, N-terminal / SAP domain / Saposin-like / NK-Lysin / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / SAP domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, simulated annealing, TORSION ANGLE DYNAMICS
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Hellman, M.H. / Peranen, J. / Saarma, M. / Permi, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Mesencephalic Astrocyte-derived Neurotrophic Factor (MANF) Has a Unique Mechanism to Rescue Apoptotic Neurons
著者: Hellman, M.H. / Arumae, U. / Yu, L.-Y. / Lindholm, P. / Peranen, J. / Saarma, M. / Permi, P.
履歴
登録2010年3月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3391
ポリマ－18,3391
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 400structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor / MANF / Protein ARMET / Arginine-rich protein


分子量: 18339.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): OrigamiB (DE3) / 参照: UniProt: P55145

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1513D HNCA
1613D HN(CO)CA
1713D HCAN
1813D HCA(CO)N
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D (H)CCH-COSY
11113D H(CCO)NH
11213D C(CO)NH
11312D 1H-15N HSQC
11412D 1H-13C HSQC
11512D (HB)CB(CGCD)HD
11612D (HB)CB(CGCDCE)HE

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試料調製

詳細内容: 1mM [U-98% 13C; U-98% 15N] MANF; 93% H2O/7% D2O / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料濃度: 1 mM / 構成要素: MANF-1 / Isotopic labeling: [U-98% 13C; U-98% 15N]
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.8 / 圧: AMBIENT / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian Unity InovaVarianUnity Inova6001
Varian Unity InovaVarianUnity Inova8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.0.26P.GUNTERT ET AL.automated noe assignment
AMBER8Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm構造決定
AMBER8Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm精密化
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, simulated annealing, TORSION ANGLE DYNAMICS
ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 3090 / NOE intraresidue total count: 772 / NOE long range total count: 607 / NOE medium range total count: 950 / NOE sequential total count: 761
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 15 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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