PDB-3s0f: Apis mellifera OBP14 native apo, crystal form 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s0f

タイトル

Apis mellifera OBP14 native apo, crystal form 2

要素

OBP14

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / all helical protein / unknown odorant molecules / antennae

機能・相同性

機能・相同性情報

odorant binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Apis mellifera (セイヨウミツバチ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Spinelli, S. / Lagarde, A. / Iovinella, I. / Tegoni, M. / Pelosi, P. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Apis mellifera OBP14, a C-minus odorant-binding protein, and its complexes with odorant molecules.
著者: Spinelli, S. / Lagarde, A. / Iovinella, I. / Legrand, P. / Tegoni, M. / Pelosi, P. / Cambillau, C.

履歴

登録	2011年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s0f.cif.gz	102.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s0f.ent.gz	80 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s0f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/3s0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/3s0f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rzsC 3s0aSC 3s0bC 3s0dC 3s0eC 3s0gC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3s0e-d 3s0d-d 3a7l-d 3s0g-1 3s0b-d 3rzs-d 5yry-d 3s0a-d 1ooi-d 5nul-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OBP14

B: OBP14

27.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: OBP14

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: OBP14

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.080, 75.380, 42.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-176- HOH

#1: タンパク質	OBP14 / odorant binding protein 14 分子量: 13553.611 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 18-135 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) 遺伝子: NP_001035313 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q1W640
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 30% PEG4000, 10 mM imidazole-malate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年3月11日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→45.2 Å / Num. all: 13308 / Num. obs: 13308 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 15.25 Å² / R_merge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 26.4
反射シェル	解像度: 2.03→2.08 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 12 / Num. unique all: 732 / % possible all: 73.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
BUSTER	2.9.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3S0A

3s0a

解像度: 2.03→37.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9304 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9149 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2184	1014	7.62 %	RANDOM
R_work	0.1937	-	-	-
all	0.1956	13305	-	-
obs	0.1956	13305	-	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.31 Å² / B_iso mean: 16.8 Å² / B_iso min: 3.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.4805 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.7482 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.7323 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.246 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→37.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1882	0	0	239	2121

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	723	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	69	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	252	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	1902	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	264	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	2626	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	1902	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	2559	HARMONIC	2	1.24
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.65
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				18.95

LS精密化シェル

解像度: 2.03→2.19 Å / Total num. of bins used: 7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2353	208	8.3 %
R_work	0.1989	2299	-
all	0.2018	2507	-
obs	-	2299	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0	-0.0175	0.0228	0.0194	0.0047	0.0683	0.0007	-0.0009	-0.0004	0.0001	0.0009	0.0001	-0.002	0.0011	-0.0016	0.0027	0.0002	0.0004	0.0034	-0.0038	-0.0081	15.1397	25.9443	15.0521
2	0.0514	0.1054	0.0216	0.0651	-0.0723	0	0.0004	0.0012	-0.0041	-0.0014	-0.0004	0.0005	0.0035	-0.0011	0	-0.0025	0.002	-0.004	-0.0012	0.0031	0.0002	17.0956	11.3579	21.3563
3	0.0207	0.238	-0.1383	0	0.0668	0	0.0007	0.0024	0.0024	-0.0027	-0.0017	0.0007	0.0016	0.0029	0.001	-0.0059	-0.0075	0.009	0.002	0.0101	0.0015	29.0988	24.3925	17.288
4	0.0487	0.0682	-0.0104	0	0.0798	0	0.0005	0.0011	-0.0008	0.0006	-0.0002	-0.0009	-0.0007	0.0036	-0.0003	-0.0078	-0.0057	-0.0003	-0.0004	0.0047	0.0055	34.1417	20.101	25.6386
5	0.0082	-0.0241	0.0185	0	0.022	0	0.0003	0.0003	-0.0006	-0.0007	-0.0002	-0.001	0.0012	0.0005	-0.0001	-0.0045	0.0011	-0.0067	0.004	0.0015	-0.0007	27.661	13.1981	22.4649
6	0.0241	0.0024	-0.0223	0	-0.0066	0.0044	0.0003	0.0008	0.0002	0.001	-0.0008	0.0002	-0.0014	-0.0016	0.0004	-0.0043	0.001	-0.0022	0.0035	-0.0017	-0.0004	18.3633	26.0678	27.2791
7	0	-0.0397	-0.0405	0.0266	-0.0145	0.0559	0.0002	-0.0017	-0.0015	0	0.0005	-0.0004	-0.0018	0	-0.0007	0.0021	0.0008	0.0031	-0.0018	0.0023	-0.0032	40.1095	48.498	36.157
8	0.0004	0.0213	-0.0208	0.079	-0.0935	0.0174	0.0001	0.0013	-0.002	-0.0015	-0.0001	0.0003	0.0013	-0.0031	0	0.0079	0.005	0.0133	-0.0075	0.001	-0.0038	42.4724	33.653	42.3428
9	0	0.0686	-0.0737	0.0149	-0.0656	0.033	0.0009	-0.0014	0.0028	-0.0001	-0.0018	0.0006	-0.0004	0.0042	0.0009	-0.0005	0.0038	0.0116	-0.0011	0.0052	-0.0054	54.1619	46.8145	38.3314
10	0.0048	0.0248	-0.0775	0.0159	-0.0645	0.0605	-0.0005	-0.0013	-0.0005	0	-0.0004	-0.0013	0.0004	0.0021	0.0009	0.0009	0.0069	0.006	-0.0007	-0.0064	-0.002	59.1598	42.5874	46.5927
11	0	-0.043	0.0416	0.0124	-0.0459	0.0217	-0.0002	0.0015	-0.0008	0.0002	0.0002	-0.0012	0	-0.0002	0	0.0052	0.003	-0.0008	0.0002	0.0062	-0.0044	52.7771	35.5929	43.5066
12	0	-0.0402	0.0354	0	0.0518	0	0.0002	0.001	-0.0004	0.0008	0.0005	-0.0001	0.0007	-0.0015	-0.0007	0.0005	0.0049	0.0013	-0.0017	-0.0052	-0.0018	43.3834	48.4419	48.326

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|1 - A\|19}	A	1 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|20 - A\|49}	A	20 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|50 - A\|78}	A	50 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|79 - A\|95}	A	79 - 95
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|96 - A\|107}	A	96 - 107
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|108 - A\|119}	A	108 - 119
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|1 - B\|19}	B	1 - 19
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|20 - B\|49}	B	20 - 49
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|50 - B\|78}	B	50 - 78
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|79 - B\|95}	B	79 - 95
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{B\|96 - B\|107}	B	96 - 107
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{B\|108 - B\|119}	B	108 - 119

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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